Dati
Che cos’è un file NIfTI?
NIfTI, di solito NIfTI-1 o NIfTI-2, è un formato per gestire dati di neuroimaging come MRI e fMRI in vari software di analisi. L’intestazione descrive matrici di voxel, dimensioni, tipo di dati, scala e trasformazioni dalle coordinate voxel allo spazio anatomico o standard. NIfTI-1 può riunire intestazione e immagine in un file .nii oppure separarle in una coppia .hdr/.img; .nii.gz è un singolo file compresso con gzip.
Quando scegliere questo formato
- Usare matrici di voxel e orientamento spaziale tra strumenti di analisi
- Archiviare volumi immagine in un file singolo o in una coppia intestazione-immagine
Quando evitare questo formato
- Conservare integralmente uno studio clinico DICOM e gli attributi del paziente
- Visualizzarlo come una normale fotografia
Usi comuni
- Analisi di neuroimaging e scambio di dati di ricerca
Caratteristiche
- Rappresenta matrici di voxel con informazioni su dimensioni e tipo di dati
- Può registrare trasformazioni qform e sform dagli indici voxel alle coordinate spaziali
- Supporta un file singolo o una coppia intestazione-immagine; è comune anche la compressione gzip
Vantaggi e svantaggi
Vantaggi
- Facilita lo scambio di immagini tra strumenti di analisi neuroimaging
- Conserva nell’intestazione dimensioni dei voxel e trasformazioni spaziali
- Offre varianti unite o separate per flussi di lavoro diversi
Svantaggi
- Richiede software di analisi o immagini mediche compatibile con NIfTI, non un normale visualizzatore di foto
- Software o insiemi di dati possono interpretare diversamente qform, sform, sistemi di coordinate o unità
- Non conserva tutti gli attributi clinici, del paziente e dell’apparecchiatura di uno studio DICOM
Aprire e convertire
Come aprire
Aprilo con software di analisi neuroimaging o un visualizzatore compatibile con NIfTI. Mantieni insieme i file .hdr e .img corrispondenti con lo stesso nome di base e controlla orientamento, ordine sinistra-destra, dimensioni dei voxel, qform/sform e unità temporali. Gli strumenti compatibili possono aprire direttamente i file compressi gzip.
Come convertire
Usa uno strumento compatibile per convertire DICOM o altri formati immagine. Dopo la conversione controlla valori dei voxel, dimensioni, orientamento, ordine sinistra-destra, trasformazioni spaziali e tempi. La conversione in NIfTI potrebbe non conservare tutti gli attributi dell’esame o dell’apparecchiatura DICOM; conserva separatamente l’originale e i metadati necessari.
Avvertenze
- Nella variante a due file, .hdr e .img lavorano insieme; spostarne solo uno può rendere il dataset incompleto o illeggibile. Mantieni la corrispondenza dei nomi.
- Se qform e sform differiscono, non sono impostati o producono un orientamento sinistra-destra inatteso, chiarisci le coordinate prima dell’analisi.
- Anche le immagini cerebrali possono identificare una persona, ad esempio dai tratti del volto. La conversione in NIfTI non rende automaticamente anonimi i dati; controlla immagini e metadati associati prima di condividerli.
Domande frequenti
Qual è la differenza tra NIfTI e DICOM?
NIfTI contiene soprattutto matrici di voxel e trasformazioni spaziali orientate all’analisi. DICOM serve allo scambio clinico di esami e immagini e può includere attributi di paziente, apparecchiatura ed esame. La conversione può causare perdite.
.nii.gz è un formato diverso da .nii?
Di solito è un singolo file NIfTI .nii compresso con gzip. Decomprimendolo si ottiene il file NIfTI.
I file .hdr e .img devono restare insieme?
Sì. Nella variante a coppia, .hdr contiene l’intestazione e .img i dati immagine; conserva e sposta insieme i file corrispondenti.