مقارنة
BAM vs CRAM
يمثل BAM المحاذاة بضغط BGZF. يستخدم CRAM فروق المرجع وترميزات أخرى، ويعتمد حفظ المعلومات على إعدادات الكتابة.
أي تنسيق يجب أن تختار؟
فكّر في BAM للتوافق الواسع، أو CRAM لتقليل التخزين عند إدارة المراجع وإعدادات الحفظ.
مناسب لـ BAM
تخزين مجموعات كبيرة من محاذاة القراءات وتبادلها بصيغة ثنائية · استعلام مناطق من البيانات المرتبة حسب الإحداثيات باستخدام فهرس
- تخزين ترويسات وسجلات ووسوم متوافقة مع SAM بشكل مضغوط
- القراءة حسب المنطقة باستخدام BGZF وفهرس BAI/CSI
مناسب لـ CRAM
تخزين بيانات المحاذاة وتبادلها بضغط يعتمد على المرجع · اختيار سياسة حفظ الجودة والحقول الأخرى
- سير عمل يمكنه تحديد المرجع الدقيق واسترجاعه
- أرشيف يوثق الضغط وإعدادات الحفظ
المعلومات الأساسية
| البند | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| الامتداد | .bam | .cram |
| نوع MIME | application/octet-stream | |
| الاستخدامات الشائعة | تخزين مجموعات كبيرة من محاذاة القراءات وتبادلها بصيغة ثنائية · استعلام مناطق من البيانات المرتبة حسب الإحداثيات باستخدام فهرس | تخزين بيانات المحاذاة وتبادلها بضغط يعتمد على المرجع · اختيار سياسة حفظ الجودة والحقول الأخرى |
| طريقة الفتح | استخدم برنامجًا يدعم SAM/BAM. افحص أسماء المراجع وأطوالها ومعرفاتها وترتيب الفرز وعدد القراءات وFLAG/CIGAR والجودة والوسوم. للاستعلام الإقليمي استخدم فهرس BAI/CSI المنشأ لهذا الملف وحالة فرزه. | استخدم برنامجًا يدعم CRAM. افحص أسماء المراجع وأطوالها وبصماتها أو إصداراتها وأداة الإنشاء وإعدادات الحفظ الموثقة. عند الحاجة استرجع المرجع المطابق محليًا أو من سجل موثوق. للاستعلام عن منطقة استخدم فهرس CRAI المطابق للملف. |
| التصدير أو التحويل | التحويل من BAM إلى SAM يسهل القراءة لكنه قد يزيد الحجم كثيرًا. عند التحويل من SAM إلى BAM تحقق من الحقول والوسوم والترتيب. قد يعتمد CRAM على مرجع وإعدادات حفظ الجودة؛ احتفظ بالمراجع اللازمة. | عند تحويل CRAM إلى BAM أو SAM، حل المراجع بدقة وتحقق من بقاء الجودة والوسوم وأسماء القراءات. احتفظ بملف CRAM الأصلي وقارن الأعداد والإحصاءات والسجلات النموذجية. وعند التحويل من BAM/SAM إلى CRAM، حدد إصدار المرجع صراحةً وما إذا كان ضغط الجودة الفاقد مقبولًا. |
الاختيار حسب الاستخدام
تخزين ترويسات وسجلات ووسوم متوافقة مع SAM بشكل مضغوط
تخزين مجموعات كبيرة من محاذاة القراءات وتبادلها بصيغة ثنائية · استعلام مناطق من البيانات المرتبة حسب الإحداثيات باستخدام فهرس
BAMالقراءة حسب المنطقة باستخدام BGZF وفهرس BAI/CSI
تخزين مجموعات كبيرة من محاذاة القراءات وتبادلها بصيغة ثنائية · استعلام مناطق من البيانات المرتبة حسب الإحداثيات باستخدام فهرس
BAMسير عمل يمكنه تحديد المرجع الدقيق واسترجاعه
تخزين بيانات المحاذاة وتبادلها بضغط يعتمد على المرجع · اختيار سياسة حفظ الجودة والحقول الأخرى
CRAMأرشيف يوثق الضغط وإعدادات الحفظ
تخزين بيانات المحاذاة وتبادلها بضغط يعتمد على المرجع · اختيار سياسة حفظ الجودة والحقول الأخرى
CRAMنقطة أساسية 1
لا يحتاج فك BAM عادةً إلى قواعد مرجعية خارجية.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتنقطة أساسية 2
يدعم CRAM الترميز المعتمد على المرجع والمراجع المضمّنة.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتمزيد من التفاصيل حول الاختلافات
حدد قيم الجودة والوسوم المطلوبة واختبر التحويل ذهابًا وإيابًا ونتائج التحليل. ليس CRAM أصغر أو أسرع دائمًا.
- يتطلب CRAM المعتمد على المرجع المرجع الصحيح. ميّز الإدارة الخارجية والتضمين والإعدادات دون مرجع؛ قد لا يكفي تسليم الملف وحده.
- يتيح CRAM استراتيجيات مع فقد أو دونه. الوصول إلى المناطق يحتاج ترتيبًا مناسبًا والفهرس المطلوب مثل CRAI.
الأسئلة الشائعة
هل يحفظ CRAM كل التفاصيل دائمًا؟
لا. تعتمد النتيجة على الإعدادات والأدوات. تحقق من الجودة والوسوم والمراجع وعدد السجلات واحتفظ بالأصل حتى اكتمال التحقق.