اختيار ملفات التسلسل حسب مراحل العمل

تحقق من تسلسلات FASTQ وترميز الجودة وتطابق القراءات مزدوجة الطرف وعددها. تحتاج المحاذاة إلى مرجع وإعدادات. تحويل تمثيل موجود ليس محاذاة القراءات من جديد إلى مرجع.

افحص الترويسات والوسوم في SAM ثم خزّن BAM أو CRAM بأدوات متوافقة. جهّز ترتيب الإحداثيات وفهرس BAI/CSI/CRAI المطلوب. سجّل جلب مرجع CRAM أو تضمينه وإعدادات حفظ الجودة والوسوم وقارن قبل التحويل وبعده.

أرفق البيانات والفهارس ومعرّفات المرجع وإصدارات البرامج والإعدادات وسياسة الحفظ ومجاميع التحقق. اختبر قارئ المستلم واتفق على الوصول والاحتفاظ. لكل مستودع متطلبات للصيغة والبيانات الوصفية.