مقارنة
bedGraph أم bigWig: نص الأرقام والتوزيع المفهرس
bedGraph نص مناطق وقيم، وbigWig مسار رقمي مفهرس.
أي تنسيق يجب أن تختار؟
اختر bedGraph للفحص والمعالجة وbigWig للوصول البعيد حسب المنطقة إلى بيانات كبيرة.
مناسب لـ bedGraph
تبادل مسارات الإشارات الجينومية
- فحص قيم مناطق مختلفة الطول
مناسب لـ bigWig
توزيع إشارات جينومية كبيرة
- قراءة قيم مناطق محددة
المعلومات الأساسية
| البند | bedGraph | bigWig |
|---|---|---|
| الامتداد | .bedGraph | .bw, .bigWig |
| نوع MIME | ||
| الاستخدامات الشائعة | تبادل مسارات الإشارات الجينومية | توزيع إشارات جينومية كبيرة |
| طريقة الفتح | تحقق بقارئ متوافق من المرجع والأسماء والإحداثيات والقيم. ميّز سطور track/browser للمسارات المخصصة عن صفوف التحليل وتحقق من دعم الرؤوس. | تحقق بقارئ bigWig من المرجع والتغطية والقيم. ميّز الملخصات عن قيم المناطق واختبر الوصول البعيد والقراءة الجزئية في الاستضافة الفعلية. |
| التصدير أو التحويل | لإنشاء bigWig رتّب مساراً واحداً بلا تداخل داخل الكروموسوم واستخدم chrom.sizes مطابقاً. احذف رؤوس العرض وتحقق من المواضع والقيم والتغطية. | يتطلب bedGraphToBigWig مناطق مرتبة بلا تداخل وchrom.sizes مطابقاً. احذف رؤوس العرض وقارن الإحداثيات والمناطق المسجلة والقيم. أعد الإنشاء من الأصل بعد التعديل. |
الاختيار حسب الاستخدام
فحص قيم مناطق مختلفة الطول
تبادل مسارات الإشارات الجينومية
bedGraphقراءة قيم مناطق محددة
توزيع إشارات جينومية كبيرة
bigWigنقطة أساسية 1
يحتوي bedGraph على الكروموسوم والبداية والنهاية والقيمة.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتنقطة أساسية 2
تستخرج أدوات bigWig بيانات المناطق أو الملخصات.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتمزيد من التفاصيل حول الاختلافات
اتفق على المرجع والوحدات والتطبيع ومعنى البيانات المفقودة والدقة. تحقق من واجهات القراءة والاستضافة لا الحجم والسرعة فقط.
- رتّب مساراً واحداً لـbedGraphToBigWig وحل التداخل وطابق chrom.sizes واحذف رؤوس العرض. لا يلزم إزاحة بداية مناطق bedGraph.
- قد تقرّب الدقة المفردة القيم؛ حدد التسامح. ميّز غير المسجل عن الصفر ومتوسط الملخص عن القيم الأصلية وتحقق من التصدير.
الأسئلة الشائعة
هل يمكن حذف النص الأصلي بعد التحويل؟
لا. لا تُضمن استعادة الصياغة العشرية أو إعدادات العرض تماماً. احفظ الأصل والمرجع وإعدادات الإنشاء.