مقارنة
FASTA وFASTQ: التسلسلات وحفظ الجودة
يحفظ FASTA وحده التسلسلات؛ ويضيف FASTQ درجات جودة لكل قاعدة.
أي تنسيق يجب أن تختار؟
استخدم FASTA للمراجع أو التجميعات وFASTQ لتحليل القراءات المعتمد على الجودة، واحتفظ بالأصول.
مناسب لـ FASTA
حفظ تسلسلات مرجعية أو تسلسلات نوكليوتيدات مجمّعة
- تبادل التسلسلات دون الحاجة إلى درجات الجودة
مناسب لـ FASTQ
نقل قراءات التسلسل وجودة كل قاعدة بين مراحل التحليل · تخزين القراءات غير المحاذاة، ومنها paired-end، قبل التحليل اللاحق
- حفظ معرّفات القراءة والتسلسلات وجودة القواعد المقابلة معاً
- إرسال بيانات القراءة إلى أرشيفات مثل NCBI SRA
المعلومات الأساسية
| البند | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| الامتداد | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| نوع MIME | ||
| الاستخدامات الشائعة | حفظ تسلسلات مرجعية أو تسلسلات نوكليوتيدات مجمّعة | نقل قراءات التسلسل وجودة كل قاعدة بين مراحل التحليل · تخزين القراءات غير المحاذاة، ومنها paired-end، قبل التحليل اللاحق |
| طريقة الفتح | افتح بأداة للتسلسلات وافحص المعرّفات المكررة والرموز والأطوال. يتطلب samtools faidx طولاً موحداً لأسطر كل تسلسل عدا الأخير. أعد إنشاء .fai بعد تغيير التسلسل أو فواصل الأسطر. | استخدم أداة تسلسل تدعم متغير FASTQ المعني. تحقق من معرّف `@` وطول التسلسل والجودة وسطر `+` ونظام Phred+33 أو Phred+64 ووثائق الجهاز أو خط المعالجة. في paired-end تحقق من ترتيب القراءات ومعرّفاتها في الملفين. اقرأ gzip بأداة متوافقة أو فك ضغطه. |
| التصدير أو التحويل | تصدير التسلسل وحده من FASTQ يحذف الجودة. لا يستعيد FASTA القيم الأصلية. إن توفرت بيانات QUAL حقيقية، طابق المعرّفات والأطوال وتحقق من نظام الجودة قبل الدمج. | لتغيير ترميز الجودة، حدد نظام Phred أو Solexa الأصلي وإزاحة ASCII، ثم فك ترميز القيم الرقمية بدقة وأعد ترميزها. تصدير التسلسلات فقط إلى FASTA يفقد قيم الجودة. إنتاج SAM/BAM محاذى يتطلب مرجعاً وخطوة تحليل مستقلة، وليس تغيير امتداد. |
الاختيار حسب الاستخدام
تبادل التسلسلات دون الحاجة إلى درجات الجودة
حفظ تسلسلات مرجعية أو تسلسلات نوكليوتيدات مجمّعة
FASTAحفظ معرّفات القراءة والتسلسلات وجودة القواعد المقابلة معاً
نقل قراءات التسلسل وجودة كل قاعدة بين مراحل التحليل · تخزين القراءات غير المحاذاة، ومنها paired-end، قبل التحليل اللاحق
FASTQإرسال بيانات القراءة إلى أرشيفات مثل NCBI SRA
نقل قراءات التسلسل وجودة كل قاعدة بين مراحل التحليل · تخزين القراءات غير المحاذاة، ومنها paired-end، قبل التحليل اللاحق
FASTQنقطة أساسية 1
يستخدم FASTA سطر تعريف > تتبعه سلسلة التسلسل.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتنقطة أساسية 2
يستخدم FASTQ علامة @ والتسلسل وفاصل + وسلسلة جودة مقابلة.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتمزيد من التفاصيل حول الاختلافات
حدد هل يكفي التسلسل أم تحتاج ترشيحاً بالجودة. تحقق من قواعد المنتج ومتطلبات القارئ، لا الامتداد وحده.
- استخراج التسلسل إلى FASTA يحذف الجودة الأصلية. إضافة قيم ثابتة دون QUAL حقيقي لا تستعيد جودة مقاسة.
- عند دمج QUAL حقيقي، طابق المعرّفات وعدد السجلات والأطوال ونظام الجودة. أعد إنشاء .fai المرجعي بعد تغيير التسلسل أو فواصل الأسطر.
الأسئلة الشائعة
هل يستعيد تحويل FASTA إلى FASTQ الجودة؟
لا. لا يمكن استنتاج القيم من أحرف التسلسل. ادمج بيانات الجودة الأصلية الحقيقية فقط بعد التحقق من التطابق؛ لا تعامل القيم الافتراضية كقياسات.