مقارنة
SAM vs BAM
يمثل SAM وBAM معلومات المحاذاة نفسها. SAM نص مفصول بعلامات تبويب؛ وBAM تمثيل ثنائي مضغوط في كتل BGZF.
أي تنسيق يجب أن تختار؟
فكّر في SAM للفحص وتصحيح الأخطاء، وBAM للتخزين والاستعلام عن مناطق بأدوات تحليل متوافقة.
مناسب لـ SAM
تبادل القراءات ومعلومات محاذاتها إلى المراجع كنص · فحص الترويسات والسجلات عند نقل نتائج التحليل بين الأدوات
- مراجعة أسماء المراجع وأطوالها وFLAG وCIGAR وMAPQ والتسلسل والجودة والوسوم
- تصحيح الأخطاء وفحص مجموعات بيانات صغيرة
مناسب لـ BAM
تخزين مجموعات كبيرة من محاذاة القراءات وتبادلها بصيغة ثنائية · استعلام مناطق من البيانات المرتبة حسب الإحداثيات باستخدام فهرس
- تخزين ترويسات وسجلات ووسوم متوافقة مع SAM بشكل مضغوط
- القراءة حسب المنطقة باستخدام BGZF وفهرس BAI/CSI
المعلومات الأساسية
| البند | SAM | BAM |
|---|---|---|
| الامتداد | .sam | .bam |
| نوع MIME | text/plain | application/octet-stream |
| الاستخدامات الشائعة | تبادل القراءات ومعلومات محاذاتها إلى المراجع كنص · فحص الترويسات والسجلات عند نقل نتائج التحليل بين الأدوات | تخزين مجموعات كبيرة من محاذاة القراءات وتبادلها بصيغة ثنائية · استعلام مناطق من البيانات المرتبة حسب الإحداثيات باستخدام فهرس |
| طريقة الفتح | استخدم برنامجًا يدعم SAM أو محرر نصوص. افحص الترويسات `@HD` و`@SQ` و`@RG` و`@PG` والأعمدة الإلزامية الأحد عشر وبتات FLAG والإحداثيات وCIGAR وMAPQ وSEQ/QUAL والوسوم. تجنب إعادة ترتيب الصفوف أو تغيير علامات الجدولة في الجداول الحسابية. | استخدم برنامجًا يدعم SAM/BAM. افحص أسماء المراجع وأطوالها ومعرفاتها وترتيب الفرز وعدد القراءات وFLAG/CIGAR والجودة والوسوم. للاستعلام الإقليمي استخدم فهرس BAI/CSI المنشأ لهذا الملف وحالة فرزه. |
| التصدير أو التحويل | عند التحويل من SAM إلى BAM، تحقق من الترويسات والأعلام وCIGAR والجودة والوسوم والترتيب. يمكن فهرسة BAM المرتب حسب الإحداثيات وفق متطلبات الأداة. يتطلب إنشاء SAM من FASTQ مرجعًا وعملية محاذاة؛ وليس تحويلًا بسيطًا للصيغة. | التحويل من BAM إلى SAM يسهل القراءة لكنه قد يزيد الحجم كثيرًا. عند التحويل من SAM إلى BAM تحقق من الحقول والوسوم والترتيب. قد يعتمد CRAM على مرجع وإعدادات حفظ الجودة؛ احتفظ بالمراجع اللازمة. |
الاختيار حسب الاستخدام
مراجعة أسماء المراجع وأطوالها وFLAG وCIGAR وMAPQ والتسلسل والجودة والوسوم
تبادل القراءات ومعلومات محاذاتها إلى المراجع كنص · فحص الترويسات والسجلات عند نقل نتائج التحليل بين الأدوات
SAMتصحيح الأخطاء وفحص مجموعات بيانات صغيرة
تبادل القراءات ومعلومات محاذاتها إلى المراجع كنص · فحص الترويسات والسجلات عند نقل نتائج التحليل بين الأدوات
SAMتخزين ترويسات وسجلات ووسوم متوافقة مع SAM بشكل مضغوط
تخزين مجموعات كبيرة من محاذاة القراءات وتبادلها بصيغة ثنائية · استعلام مناطق من البيانات المرتبة حسب الإحداثيات باستخدام فهرس
BAMالقراءة حسب المنطقة باستخدام BGZF وفهرس BAI/CSI
تخزين مجموعات كبيرة من محاذاة القراءات وتبادلها بصيغة ثنائية · استعلام مناطق من البيانات المرتبة حسب الإحداثيات باستخدام فهرس
BAMنقطة أساسية 1
يمكن فحص SAM بأدوات النصوص.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتنقطة أساسية 2
يتطلب BAM مفكك ترميز متوافقًا.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتمزيد من التفاصيل حول الاختلافات
التحويل وحده لا يرتب الملف ولا يفهرسه. رتّب حسب الإحداثيات وأنشئ فهرس BAI/CSI المطلوب.
- لحقول FLAG وCIGAR وMAPQ والوسوم معانٍ محددة. تعديل SAM كجدول عادي قد يفسد اتساق السجلات مع قاموس المراجع.
- لا تعامل BGZF في BAM كملف gzip عادي. تتطلب الاستعلامات الإقليمية فهرسًا مناسبًا وبيانات مرتبة حسب الإحداثيات.
الأسئلة الشائعة
هل يحسن BAM دقة المحاذاة؟
لا. تغيير التمثيل لا يعيد محاذاة القراءات. قارن عدد السجلات والمراجع والوسوم وقيم الجودة وافحص مرشحات التحويل.