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BAM vs CRAM
BAM stellt Alignments BGZF-komprimiert dar. CRAM nutzt Referenzdifferenzen und weitere Kodierungen; die Erhaltung hängt von Schreibeinstellungen ab.
Welches Format sollten Sie wählen?
Erwägen Sie BAM für breite Kompatibilität, CRAM für weniger Speicherbedarf bei kontrollierter Referenzauflösung und Datenerhaltung.
Geeignet für BAM
Große Read-Alignmentdaten binär speichern und austauschen · Bereiche koordinatensortierter Daten per Index abfragen
- SAM-kompatible Kopfzeilen, Datensätze und Tags komprimiert speichern
- Bereichsweises Lesen mit BGZF und BAI/CSI-Index
Geeignet für CRAM
Alignmentdaten mit referenzbasierter Komprimierung speichern und austauschen · Eine Erhaltungsstrategie für Qualitäten und weitere Felder wählen
- Abläufe, die die exakte Referenz bestimmen und abrufen können
- Archive mit dokumentierten Komprimierungs- und Erhaltungseinstellungen
Grundlegende Informationen
| Merkmal | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| Dateiendung | .bam | .cram |
| MIME-Typ | application/octet-stream | |
| Häufige Verwendung | Große Read-Alignmentdaten binär speichern und austauschen · Bereiche koordinatensortierter Daten per Index abfragen | Alignmentdaten mit referenzbasierter Komprimierung speichern und austauschen · Eine Erhaltungsstrategie für Qualitäten und weitere Felder wählen |
| Öffnen | Verwenden Sie SAM/BAM-fähige Software. Prüfen Sie Referenznamen, -längen und IDs, Sortierreihenfolge, Readanzahl, FLAG/CIGAR, Qualitäten und Tags. Für Bereichsabfragen muss der BAI/CSI-Index zur Datei und ihrem Sortierstatus gehören. | Verwenden Sie CRAM-fähige Software. Prüfen Sie Referenznamen, -längen, Prüfsummen oder Versionen, das Erstellungswerkzeug und dokumentierte Erhaltungseinstellungen. Rufen Sie bei Bedarf die passende Referenz lokal oder aus einem vertrauenswürdigen Register ab. Für Bereichsabfragen muss der CRAI-Index zur Datei passen. |
| Exportieren oder konvertieren | BAM zu SAM verbessert die Lesbarkeit, kann die Datei aber deutlich vergrößern. Bei SAM zu BAM Felder, Tags und Reihenfolge prüfen. CRAM kann Referenz und Einstellungen zur Qualitätserhaltung voraussetzen; benötigte Referenzen müssen verfügbar bleiben. | Bei CRAM zu BAM/SAM Referenzen korrekt auflösen und prüfen, ob Qualitäten, Tags und Readnamen erhalten bleiben. Bewahren Sie die CRAM-Quelldatei auf und vergleichen Sie Anzahl, Statistiken und Beispieldatensätze. Bei BAM/SAM zu CRAM Referenzversion und Akzeptanz verlustbehafteter Qualitätskomprimierung ausdrücklich wählen. |
Nach Einsatzzweck wählen
SAM-kompatible Kopfzeilen, Datensätze und Tags komprimiert speichern
Große Read-Alignmentdaten binär speichern und austauschen · Bereiche koordinatensortierter Daten per Index abfragen
BAMBereichsweises Lesen mit BGZF und BAI/CSI-Index
Große Read-Alignmentdaten binär speichern und austauschen · Bereiche koordinatensortierter Daten per Index abfragen
BAMAbläufe, die die exakte Referenz bestimmen und abrufen können
Alignmentdaten mit referenzbasierter Komprimierung speichern und austauschen · Eine Erhaltungsstrategie für Qualitäten und weitere Felder wählen
CRAMArchive mit dokumentierten Komprimierungs- und Erhaltungseinstellungen
Alignmentdaten mit referenzbasierter Komprimierung speichern und austauschen · Eine Erhaltungsstrategie für Qualitäten und weitere Felder wählen
CRAMWichtiger Punkt 1
BAM-Dekodierung benötigt normalerweise keine externen Referenzbasen.
Unterschiede im DetailWichtiger Punkt 2
CRAM unterstützt referenzabhängige Kodierung und eingebettete Referenzen.
Unterschiede im DetailUnterschiede im Detail
Legen Sie zu erhaltende Qualitätswerte und Tags fest und testen Sie Rückkonvertierung sowie Analyseergebnisse. CRAM ist nicht immer kleiner oder schneller.
- Referenzabhängiges CRAM benötigt die richtige Referenz. Unterscheiden Sie externe Verwaltung, Einbettung und referenzfreie Einstellungen; die Datei allein kann unzureichend sein.
- CRAM erlaubt verlustfreie und verlustbehaftete Strategien. Regionszugriff benötigt passende Sortierung und den erwarteten Index, etwa CRAI.
Häufige Fragen
Bewahrt CRAM immer jedes Detail?
Nein. Einstellungen und Werkzeuge sind entscheidend. Prüfen Sie Qualitätswerte, Tags, Referenzen und Datensatzanzahl; behalten Sie Originale bis zur Validierung.