Ratgeber
Sequenzierungsdateien nach Arbeitsschritt wählen
Rohreads, Alignmentkontrolle, Speicherung und Weitergabe brauchen unterschiedliche Informationen. Verwalten Sie Referenzen, Indizes und Erhaltung mit dem Format.
Welches Format sollten Sie wählen?
Wählen Sie nach der Rolle der Datei in Ihrem Arbeitsablauf.
- Reads und Eingaben prüfen
- Alignments und Indizes validieren
- Reproduzierbares Paket übergeben
Reads und Eingaben prüfen
Prüfen Sie FASTQ-Sequenzen, Qualitätskodierung, Paired-End-Zuordnung und Readanzahl. Alignment benötigt Referenz und Einstellungen. Eine vorhandene Darstellung zu konvertieren ist nicht dasselbe wie Reads neu auf eine Referenz abzubilden.
Alignments und Indizes validieren
Prüfen Sie Header und Tags in SAM und speichern Sie BAM oder CRAM mit kompatiblen Werkzeugen. Bereiten Sie Koordinatensortierung und erforderliche BAI/CSI/CRAI-Indizes vor. Dokumentieren Sie CRAM-Referenzbezug oder Einbettung und Qualitäts-/Tag-Erhaltung; vergleichen Sie vor und nach der Konvertierung.
Reproduzierbares Paket übergeben
Fügen Sie Daten, Indizes, Referenzkennungen, Versionen, Einstellungen, Erhaltungsregeln und Prüfsummen bei. Testen Sie den Empfänger und vereinbaren Sie Zugriff und Aufbewahrung. Repositorien haben eigene Format- und Metadatenanforderungen.
Geeignete Formate
FASTQ
Geeignet für: Rohreads und Qualitätswerte je Base übergeben
Weniger geeignet für: Alignments mit CIGAR und Referenzkoordinaten speichern
BAM
Geeignet für: Alignments mit kompatiblen Werkzeugen verarbeiten
Weniger geeignet für: Inhalte nur mit einem Texteditor lesen
CRAM
Geeignet für: Speicherbedarf bei kontrollierter Referenz und Erhaltung senken
Weniger geeignet für: Ohne Prüfung von Referenzen oder Qualitätserhaltung teilen
Vor dem Export prüfen
- Namensentfernung anonymisiert menschliche Sequenzen nicht zwingend. Prüfen Sie Freigabe und Zugriffskontrollen vor der Weitergabe.
- Behalten Sie Originale bis zur Validierung. Prüfsummen bestätigen Übertragungsintegrität, nicht analytische Richtigkeit.
Ähnliche Vergleiche
Ratgeber
Quellen und Spezifikationen
- National Center for Biotechnology Information — NCBI SRA File Format Guide
- Global Alliance for Genomics and Health / Large Scale Genomics Work Stream — Sequence Alignment/Map Format Specification (SAMv1)
- Global Alliance for Genomics and Health / Large Scale Genomics Work Stream — CRAM format specification (version 3.1)
- National Center for Biotechnology Information — SRA Submission Quick Start: human data and controlled access