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bedGraph oder bigWig: Zahlenwert-Text und indexierte Bereitstellung
bedGraph ist Intervallwert-Text, bigWig ein indexierter numerischer Track.
Welches Format sollten Sie wählen?
bedGraph für Prüfung und Bearbeitung, bigWig für großen regionalen Fernzugriff erwägen.
Geeignet für bedGraph
Genomische Signal-Tracks weitergeben
- Werte variabler Intervalllängen prüfen und bearbeiten
Geeignet für bigWig
Große Genomsignale bereitstellen
- Werte ausgewählter Regionen lesen
Grundlegende Informationen
| Merkmal | bedGraph | bigWig |
|---|---|---|
| Dateiendung | .bedGraph | .bw, .bigWig |
| MIME-Typ | ||
| Häufige Verwendung | Genomische Signal-Tracks weitergeben | Große Genomsignale bereitstellen |
| Öffnen | Referenz, Namen, Koordinaten und Werte mit geeignetem Leser prüfen. track/browser-Zeilen für Custom Tracks von Analysezeilen unterscheiden und Headerunterstützung prüfen. | Referenzen, Abdeckung und Werte mit bigWig-Leser prüfen. Zusammenfassungen von Intervallwerten unterscheiden; Fernzugriff und Teilreads auf dem tatsächlichen Host testen. |
| Exportieren oder konvertieren | Für bigWig einen Track sortieren, überlappungsfreie Intervalle je Chromosom und passende chrom.sizes nutzen. Anzeigeheader entfernen und Positionen, Werte und Abdeckung prüfen. | bedGraphToBigWig benötigt sortierte, überlappungsfreie Intervalle und passende chrom.sizes. Anzeigeheader entfernen und Koordinaten, erfasste Regionen und Werte vergleichen. Nach Änderungen aus Originalen neu erzeugen. |
Nach Einsatzzweck wählen
Werte variabler Intervalllängen prüfen und bearbeiten
Genomische Signal-Tracks weitergeben
bedGraphWerte ausgewählter Regionen lesen
Große Genomsignale bereitstellen
bigWigWichtiger Punkt 1
bedGraph enthält Chromosom, Start, Ende und Wert.
Unterschiede im DetailWichtiger Punkt 2
bigWig-Leser liefern Intervalle oder Zusammenfassungen.
Unterschiede im DetailUnterschiede im Detail
Referenz, Einheiten, Normalisierung, fehlende Werte und Genauigkeit abstimmen. APIs und Hosting statt nur Größe oder Geschwindigkeit prüfen.
- Für bedGraphToBigWig einen Track sortieren, Überlappungen auflösen, chrom.sizes abstimmen und Anzeigeheader entfernen. Kein Startversatz für bedGraph-Intervalle nötig.
- Einfache Genauigkeit kann Werte runden; Toleranz festlegen. Fehlende Regionen von null und Zusammenfassungsmittel von Grundwerten unterscheiden; Export prüfen.
Häufige Fragen
Kann der Quelltext nach Konvertierung weg?
Nein. Exakte Wiederherstellung von Dezimaldarstellung oder Anzeigeoptionen ist nicht garantiert. Originale, Referenz und Erzeugungseinstellungen behalten.