Ratgeber
Genomische Annotationen und Signalspuren übergeben
Trennen Sie Annotationen von numerischen Signalen und stimmen Sie Referenz, Koordinaten, Einheiten und Anzeigeprogramm ab. Dies ist nicht die Archivierung von Reads oder Alignments.
Welches Format sollten Sie wählen?
Wählen Sie nach der Rolle der Datei in Ihrem Arbeitsablauf.
- Bedeutung und Referenz abstimmen
- Anzeigekopien validieren
- In der Zielumgebung testen
Bedeutung und Referenz abstimmen
Dokumentieren Sie Assembly-Version, Chromosomennamen und Koordinatenkonvention. Verwechseln Sie nullbasierte BED-Intervalle mit ausgeschlossenem Endpunkt nicht mit anderen Konventionen. Halten Sie Einheiten, Normalisierung und den Unterschied zwischen fehlenden Werten und null fest.
Anzeigekopien validieren
Konvertieren Sie BED-Annotationen in bigBed oder bedGraph-Signale in bigWig. Prüfen Sie Sortierung, Chromosomenlängen und Zusatzspalten. Vergleichen Sie repräsentative Intervalle und Werte mit der Quelle, einschließlich bigWig-Rundung auf einfache Genauigkeit und Anzeigezusammenfassungen.
In der Zielumgebung testen
Übergeben Sie Dateien, Konvertierungsparameter, Prüfsummen und Anzeigeeinstellungen. Öffnen Sie dieselbe Referenz und dieselben Intervalle im Zielprogramm. Prüfen Sie bei einem Track Hub auch Konfiguration und Hosting.
Geeignete Formate
bigBed
Geeignet für: Indexierte Annotationsspuren bereitstellen
Weniger geeignet für: Kontinuierliche Zahlenwerte als Annotationseinträge behandeln
bigWig
Geeignet für: Intervallbezogene numerische Signale bereitstellen
Weniger geeignet für: Hierarchische Beziehungen zwischen Genen und Transkripten unverändert erhalten
Vor dem Export prüfen
- Ein nicht gelisteter Hub kann für Personen mit bekannter URL zugänglich bleiben. Eine versteckte URL ist keine Zugriffskontrolle; sensible Daten benötigen eine freigegebene Umgebung.
- Bewahren Sie Quelldaten auf. Gleiche Anzeigen oder Prüfsummen belegen keine korrekte Analyse; Anzeigezusammenfassungen sind nicht die ursprünglichen Intervallwerte.