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FASTA oder FASTQ: Sequenzen und Qualitätserhalt
FASTA allein speichert Sequenzen; FASTQ ergänzt Qualitätswerte pro Base.
Welches Format sollten Sie wählen?
FASTA für Referenzen oder Assemblierungen, FASTQ für Read-Analysen mit Qualität verwenden und Originale behalten.
Geeignet für FASTA
Referenzsequenzen oder assemblierte Nukleotidsequenzen speichern
- Sequenzen ohne benötigte Qualitätswerte austauschen
Geeignet für FASTQ
Sequenzreads und Qualitätswerte je Base zwischen Analyseschritten weitergeben · Nicht ausgerichtete Reads einschließlich paired-end vor der weiteren Analyse speichern
- Read-Kennungen, Sequenzen und passende Basenqualitäten zusammenhalten
- Read-Daten an Archive wie NCBI SRA übermitteln
Grundlegende Informationen
| Merkmal | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| Dateiendung | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| MIME-Typ | ||
| Häufige Verwendung | Referenzsequenzen oder assemblierte Nukleotidsequenzen speichern | Sequenzreads und Qualitätswerte je Base zwischen Analyseschritten weitergeben · Nicht ausgerichtete Reads einschließlich paired-end vor der weiteren Analyse speichern |
| Öffnen | Mit einem Sequenzwerkzeug doppelte Kennungen, Symbole und Längen prüfen. samtools faidx verlangt pro Sequenz gleich lange Zeilen außer der letzten. Nach Sequenz- oder Zeilenumbruchänderungen .fai neu erstellen. | Öffnen Sie FASTQ mit einem Werkzeug, das die jeweilige Variante unterstützt. Prüfen Sie `@`-Kennung, Längen von Sequenz und Qualität, `+`-Zeile, Phred+33/Phred+64 und die Instrument- oder Pipeline-Dokumentation. Bei paired-end müssen Reihenfolge und Kennungen beider Dateien zusammenpassen. gzip-Dateien kompatibel lesen oder entpacken. |
| Exportieren oder konvertieren | Ein reiner Sequenzexport aus FASTQ verwirft die Qualität. FASTA rekonstruiert keine ursprünglichen Werte. Bei echten QUAL-Daten vor dem Zusammenführen Kennungen, Längen und Qualitätssystem prüfen. | Für eine Änderung der Qualitätscodierung müssen ursprüngliches Phred- oder Solexa-System und ASCII-Offset bekannt sein; dekodieren Sie die Scores korrekt und codieren Sie sie neu. Werden nur Sequenzen nach FASTA exportiert, gehen Qualitätswerte verloren. Ein Alignment zu SAM/BAM erfordert Referenz und Analyseprozess und ist keine Umbenennung. |
Nach Einsatzzweck wählen
Sequenzen ohne benötigte Qualitätswerte austauschen
Referenzsequenzen oder assemblierte Nukleotidsequenzen speichern
FASTARead-Kennungen, Sequenzen und passende Basenqualitäten zusammenhalten
Sequenzreads und Qualitätswerte je Base zwischen Analyseschritten weitergeben · Nicht ausgerichtete Reads einschließlich paired-end vor der weiteren Analyse speichern
FASTQRead-Daten an Archive wie NCBI SRA übermitteln
Sequenzreads und Qualitätswerte je Base zwischen Analyseschritten weitergeben · Nicht ausgerichtete Reads einschließlich paired-end vor der weiteren Analyse speichern
FASTQWichtiger Punkt 1
FASTA verwendet eine >-Definitionszeile mit folgender Sequenz.
Unterschiede im DetailWichtiger Punkt 2
FASTQ nutzt @, Sequenz, einen +-Trenner und eine passende Qualitätszeichenfolge.
Unterschiede im DetailUnterschiede im Detail
Prüfen, ob Sequenz allein genügt oder Qualitätsfilter nötig sind. Erzeugerkonventionen und Leseranforderungen statt nur Endungen vergleichen.
- Ein Sequenzexport nach FASTA verwirft ursprüngliche Qualität. Konstante Werte ohne echte QUAL-Daten stellen keine gemessene Qualität wieder her.
- Bei echten QUAL-Daten Kennungen, Datensatzanzahl, Längen und Qualitätssystem abgleichen. Referenz-.fai nach Sequenz- oder Umbruchänderungen neu erstellen.
Häufige Fragen
Stellt eine Umwandlung von FASTA in FASTQ Qualität wieder her?
Nein. Qualitätswerte lassen sich nicht aus Sequenzbuchstaben rekonstruieren. Nur echte Originalqualitäten mit geprüfter Zuordnung verbinden; Platzhalter sind keine Messwerte.