Vergleichen
SAM vs BAM
SAM und BAM stellen dieselben Alignmentinformationen dar. SAM ist tabulatorgetrennter Text; BAM ist eine binäre Darstellung in komprimierten BGZF-Blöcken.
Welches Format sollten Sie wählen?
Erwägen Sie SAM für Kontrolle und Fehlersuche, BAM für Speicherung und Regionsabfragen mit kompatiblen Analysewerkzeugen.
Geeignet für SAM
Sequenzierreads und ihre Ausrichtung an Referenzen als Text austauschen · Kopfzeilen und Datensätze bei der Übergabe zwischen Werkzeugen prüfen
- Referenznamen und -längen, FLAG, CIGAR, MAPQ, Sequenz, Qualität und Tags prüfen
- Fehlersuche und kleine Datenprüfungen
Geeignet für BAM
Große Read-Alignmentdaten binär speichern und austauschen · Bereiche koordinatensortierter Daten per Index abfragen
- SAM-kompatible Kopfzeilen, Datensätze und Tags komprimiert speichern
- Bereichsweises Lesen mit BGZF und BAI/CSI-Index
Grundlegende Informationen
| Merkmal | SAM | BAM |
|---|---|---|
| Dateiendung | .sam | .bam |
| MIME-Typ | text/plain | application/octet-stream |
| Häufige Verwendung | Sequenzierreads und ihre Ausrichtung an Referenzen als Text austauschen · Kopfzeilen und Datensätze bei der Übergabe zwischen Werkzeugen prüfen | Große Read-Alignmentdaten binär speichern und austauschen · Bereiche koordinatensortierter Daten per Index abfragen |
| Öffnen | Verwenden Sie SAM-fähige Software oder einen Texteditor. Prüfen Sie Kopfzeilen wie `@HD`, `@SQ`, `@RG` und `@PG`, die elf Pflichtspalten, FLAG-Bits, Referenzkoordinaten, CIGAR, MAPQ, SEQ/QUAL und Tags. Tabellenkalkulationen können Zeilen oder Tabulatoren unbeabsichtigt verändern. | Verwenden Sie SAM/BAM-fähige Software. Prüfen Sie Referenznamen, -längen und IDs, Sortierreihenfolge, Readanzahl, FLAG/CIGAR, Qualitäten und Tags. Für Bereichsabfragen muss der BAI/CSI-Index zur Datei und ihrem Sortierstatus gehören. |
| Exportieren oder konvertieren | Prüfen Sie bei SAM-zu-BAM-Konvertierungen Kopfzeilen, Flags, CIGAR, Qualitäten, Tags und Reihenfolge. Koordinatensortierte BAM-Dateien lassen sich gemäß den Werkzeuganforderungen indizieren. SAM aus FASTQ erfordert eine Referenz und einen Alignmentprozess; es ist keine einfache Formatkonvertierung. | BAM zu SAM verbessert die Lesbarkeit, kann die Datei aber deutlich vergrößern. Bei SAM zu BAM Felder, Tags und Reihenfolge prüfen. CRAM kann Referenz und Einstellungen zur Qualitätserhaltung voraussetzen; benötigte Referenzen müssen verfügbar bleiben. |
Nach Einsatzzweck wählen
Referenznamen und -längen, FLAG, CIGAR, MAPQ, Sequenz, Qualität und Tags prüfen
Sequenzierreads und ihre Ausrichtung an Referenzen als Text austauschen · Kopfzeilen und Datensätze bei der Übergabe zwischen Werkzeugen prüfen
SAMFehlersuche und kleine Datenprüfungen
Sequenzierreads und ihre Ausrichtung an Referenzen als Text austauschen · Kopfzeilen und Datensätze bei der Übergabe zwischen Werkzeugen prüfen
SAMSAM-kompatible Kopfzeilen, Datensätze und Tags komprimiert speichern
Große Read-Alignmentdaten binär speichern und austauschen · Bereiche koordinatensortierter Daten per Index abfragen
BAMBereichsweises Lesen mit BGZF und BAI/CSI-Index
Große Read-Alignmentdaten binär speichern und austauschen · Bereiche koordinatensortierter Daten per Index abfragen
BAMWichtiger Punkt 1
SAM lässt sich mit Textwerkzeugen prüfen.
Unterschiede im DetailWichtiger Punkt 2
BAM benötigt einen kompatiblen Decoder.
Unterschiede im DetailUnterschiede im Detail
Konvertieren allein sortiert oder indiziert nicht. Sortieren Sie nach Koordinaten und erstellen Sie den benötigten BAI/CSI-Index.
- FLAG, CIGAR, MAPQ und optionale Tags haben definierte Bedeutungen. Tabellenartige Bearbeitung kann die Konsistenz mit Referenzwörterbüchern zerstören.
- BGZF in BAM ist nicht wie gewöhnliches gzip zu behandeln. Regionsabfragen benötigen einen passenden Index und koordinatensortierte Daten.
Häufige Fragen
Verbessert BAM die Mappinggenauigkeit?
Nein. Die Umwandlung der Darstellung richtet Reads nicht neu aus. Vergleichen Sie Datensatzanzahl, Referenzen, Tags und Qualitätswerte sowie Konvertierungsfilter.