Comparar
BAM vs CRAM
BAM representa alineamientos comprimidos con BGZF. CRAM usa diferencias respecto a referencias y otras codificaciones; la conservación depende de los ajustes.
¿Qué formato deberías elegir?
Considere BAM para compatibilidad amplia; CRAM para reducir almacenamiento si puede gestionar referencias y conservación.
Adecuado para BAM
Almacenar e intercambiar grandes conjuntos de alineamientos en binario · Consultar por regiones datos ordenados por coordenadas mediante un índice
- Comprimir cabeceras, registros y etiquetas compatibles con SAM
- Usar bloques BGZF e índices BAI/CSI con herramientas compatibles
Adecuado para CRAM
Guardar e intercambiar alineamientos mediante compresión basada en referencias · Elegir cómo conservar calidades y otros campos
- Flujos capaces de identificar y recuperar la referencia exacta
- Archivos que documentan la compresión y sus opciones de conservación
Información básica
| Campo | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| Extensión | .bam | .cram |
| Tipo MIME | application/octet-stream | |
| Usos habituales | Almacenar e intercambiar grandes conjuntos de alineamientos en binario · Consultar por regiones datos ordenados por coordenadas mediante un índice | Guardar e intercambiar alineamientos mediante compresión basada en referencias · Elegir cómo conservar calidades y otros campos |
| Cómo abrir | Usa software compatible con SAM/BAM. Comprueba nombres, longitudes e identificadores de referencias, orden, recuento de lecturas, FLAG/CIGAR, calidades y etiquetas. Para consultas regionales, usa un índice BAI/CSI creado para ese BAM y su ordenación exacta. | Usa software compatible con CRAM. Comprueba nombres, longitudes, sumas de verificación o versiones de referencias, la herramienta que creó el archivo y las opciones de conservación documentadas. Si hace falta, recupera la referencia correcta de forma local o desde un registro fiable. Para consultas regionales usa un CRAI correspondiente al archivo. |
| Exportar o convertir | Convertir BAM a SAM facilita leerlo pero puede aumentar mucho el tamaño. Al volver de SAM a BAM, valida campos, etiquetas y orden. CRAM puede depender de referencias y opciones de conservación de calidad; guarda las referencias necesarias. | Al convertir CRAM a BAM o SAM, resuelve correctamente las referencias y verifica si se conservan calidades, etiquetas y nombres de lectura. Guarda el CRAM original y compara recuentos, estadísticas y registros de muestra. De BAM/SAM a CRAM, elige explícitamente la versión de referencia y si se acepta la compresión con pérdida de calidad. |
Elegir según el uso
Comprimir cabeceras, registros y etiquetas compatibles con SAM
Almacenar e intercambiar grandes conjuntos de alineamientos en binario · Consultar por regiones datos ordenados por coordenadas mediante un índice
BAMUsar bloques BGZF e índices BAI/CSI con herramientas compatibles
Almacenar e intercambiar grandes conjuntos de alineamientos en binario · Consultar por regiones datos ordenados por coordenadas mediante un índice
BAMFlujos capaces de identificar y recuperar la referencia exacta
Guardar e intercambiar alineamientos mediante compresión basada en referencias · Elegir cómo conservar calidades y otros campos
CRAMArchivos que documentan la compresión y sus opciones de conservación
Guardar e intercambiar alineamientos mediante compresión basada en referencias · Elegir cómo conservar calidades y otros campos
CRAMPunto clave 1
Decodificar BAM normalmente no requiere bases de referencia externas.
Más sobre las diferenciasPunto clave 2
CRAM admite codificación dependiente de referencia y referencias incrustadas.
Más sobre las diferenciasMás sobre las diferencias
Defina qué calidades y etiquetas conservar, y pruebe conversiones de ida y vuelta y resultados reales. CRAM no siempre es menor o más rápido.
- CRAM dependiente de referencia necesita la referencia correcta. Distinga referencias externas, incrustadas y modos sin referencia; entregar solo el archivo puede no bastar.
- CRAM admite estrategias con y sin pérdidas. El acceso regional requiere orden adecuado y el índice esperado, como CRAI.
Preguntas frecuentes
¿CRAM conserva siempre todos los detalles?
No. Depende de los ajustes y herramientas. Verifique calidad, etiquetas, referencias y recuentos; conserve los originales hasta validar.