Format Atlas

Guías

Elegir archivos de secuenciación según el flujo

Lecturas originales, inspección, almacenamiento y entrega necesitan información distinta. Gestione referencias, índices y conservación junto al formato.

¿Qué formato deberías elegir?

Elige según la función de cada archivo en tu flujo de trabajo.

  • Comprobar lecturas y entradas
  • Validar alineamientos e índices
  • Entregar un conjunto reproducible

Comprobar lecturas y entradas

Revise secuencias FASTQ, codificación de calidad, correspondencia paired-end y recuentos. Alinear necesita referencia y ajustes. Convertir una representación existente no equivale a mapear lecturas a una referencia.

Validar alineamientos e índices

Inspeccione cabeceras y etiquetas en SAM y guarde BAM o CRAM con herramientas compatibles. Prepare orden por coordenadas e índice BAI/CSI/CRAI para consultas regionales. Registre referencia externa o incrustada y conservación de calidad y etiquetas en CRAM; compare antes y después.

Entregar un conjunto reproducible

Incluya datos, índices, identificadores de referencia, versiones, ajustes, política de conservación y sumas de comprobación. Pruebe el lector receptor y acuerde acceso y retención. Cada repositorio tiene requisitos propios de formato y metadatos.

Formatos a considerar

FASTQ

Adecuado para: Entregar lecturas originales y calidad por base

Menos adecuado para: Guardar alineamientos con CIGAR y coordenadas de referencia

BAM

Adecuado para: Procesar alineamientos con herramientas compatibles

Menos adecuado para: Leer contenidos solo con un editor de texto

CRAM

Adecuado para: Reducir almacenamiento gestionando referencia y conservación

Menos adecuado para: Compartir sin confirmar referencias o conservación de calidad

Antes de exportar

  • Eliminar nombres no necesariamente anonimiza secuencias humanas. Confirme autorización y controles de acceso antes de compartir.
  • Conserve originales hasta validar. Las sumas de comprobación verifican la transferencia, no la corrección del análisis.

Comparaciones relacionadas

FASTA o FASTQ: secuencias y conservación de calidadFASTA solo guarda secuencias; FASTQ añade valores de calidad por base.SAM vs BAMSAM y BAM representan la misma información de alineamiento. SAM es texto separado por tabuladores; BAM es binario comprimido en bloques BGZF.BAM vs CRAMBAM representa alineamientos comprimidos con BGZF. CRAM usa diferencias respecto a referencias y otras codificaciones; la conservación depende de los ajustes.

Guías

Cómo entregar anotaciones genómicas y pistas de señalSepare las anotaciones de las señales numéricas y acuerde referencia, coordenadas, unidades y visor. Es un proceso distinto de conservar lecturas o alineamientos.

Referencias y especificaciones