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SAM vs BAM
SAM y BAM representan la misma información de alineamiento. SAM es texto separado por tabuladores; BAM es binario comprimido en bloques BGZF.
¿Qué formato deberías elegir?
Considere SAM para inspección y depuración; BAM para almacenamiento y consultas por región con herramientas compatibles.
Adecuado para SAM
Intercambiar lecturas de secuenciación y alineamiento a referencias como texto · Inspeccionar cabeceras y registros entre herramientas de análisis
- Revisar referencias, FLAG, CIGAR, MAPQ, secuencias, calidades y etiquetas
- Depurar y comprobar conjuntos pequeños de forma legible
Adecuado para BAM
Almacenar e intercambiar grandes conjuntos de alineamientos en binario · Consultar por regiones datos ordenados por coordenadas mediante un índice
- Comprimir cabeceras, registros y etiquetas compatibles con SAM
- Usar bloques BGZF e índices BAI/CSI con herramientas compatibles
Información básica
| Campo | SAM | BAM |
|---|---|---|
| Extensión | .sam | .bam |
| Tipo MIME | text/plain | application/octet-stream |
| Usos habituales | Intercambiar lecturas de secuenciación y alineamiento a referencias como texto · Inspeccionar cabeceras y registros entre herramientas de análisis | Almacenar e intercambiar grandes conjuntos de alineamientos en binario · Consultar por regiones datos ordenados por coordenadas mediante un índice |
| Cómo abrir | Usa software compatible con SAM o un editor de texto. Revisa cabeceras `@HD`, `@SQ`, `@RG`, `@PG`, las once columnas obligatorias, bits FLAG, coordenadas, CIGAR, MAPQ, SEQ/QUAL y etiquetas. Evita hojas de cálculo que reordenen filas o cambien tabuladores. | Usa software compatible con SAM/BAM. Comprueba nombres, longitudes e identificadores de referencias, orden, recuento de lecturas, FLAG/CIGAR, calidades y etiquetas. Para consultas regionales, usa un índice BAI/CSI creado para ese BAM y su ordenación exacta. |
| Exportar o convertir | Al pasar de SAM a BAM, valida cabeceras, banderas, CIGAR, calidades, etiquetas y orden. El BAM ordenado por coordenadas puede indexarse según el requisito de la herramienta. Crear SAM desde FASTQ requiere referencia y alineamiento; no es una conversión simple. | Convertir BAM a SAM facilita leerlo pero puede aumentar mucho el tamaño. Al volver de SAM a BAM, valida campos, etiquetas y orden. CRAM puede depender de referencias y opciones de conservación de calidad; guarda las referencias necesarias. |
Elegir según el uso
Revisar referencias, FLAG, CIGAR, MAPQ, secuencias, calidades y etiquetas
Intercambiar lecturas de secuenciación y alineamiento a referencias como texto · Inspeccionar cabeceras y registros entre herramientas de análisis
SAMDepurar y comprobar conjuntos pequeños de forma legible
Intercambiar lecturas de secuenciación y alineamiento a referencias como texto · Inspeccionar cabeceras y registros entre herramientas de análisis
SAMComprimir cabeceras, registros y etiquetas compatibles con SAM
Almacenar e intercambiar grandes conjuntos de alineamientos en binario · Consultar por regiones datos ordenados por coordenadas mediante un índice
BAMUsar bloques BGZF e índices BAI/CSI con herramientas compatibles
Almacenar e intercambiar grandes conjuntos de alineamientos en binario · Consultar por regiones datos ordenados por coordenadas mediante un índice
BAMPunto clave 1
SAM se puede inspeccionar con herramientas de texto.
Más sobre las diferenciasPunto clave 2
BAM requiere un decodificador compatible.
Más sobre las diferenciasMás sobre las diferencias
Convertir no ordena ni indexa automáticamente. Ordene por coordenadas y cree el índice BAI/CSI que necesite el destinatario.
- FLAG, CIGAR, MAPQ y las etiquetas tienen significados definidos. Editar SAM como una tabla común puede romper la coherencia con el diccionario de referencias.
- BGZF en BAM no se debe tratar como gzip ordinario. Las consultas regionales requieren un índice adecuado y datos ordenados por coordenadas.
Preguntas frecuentes
¿BAM mejora la precisión del alineamiento?
No. Cambiar la representación no realinea las lecturas. Compare recuentos, referencias, etiquetas y valores de calidad, y revise los filtros de conversión.