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BAM vs CRAM
BAM représente les alignements compressés en BGZF. CRAM utilise notamment les différences avec une référence ; la conservation dépend des réglages d’écriture.
Quel format choisir ?
Envisagez BAM pour une large compatibilité, CRAM pour réduire le stockage si références et conservation peuvent être maîtrisées.
Adapté pour BAM
Stocker et échanger en binaire de grands jeux d'alignements · Interroger des régions d'un fichier trié par coordonnées avec un index
- Conserver en version compressée les en-têtes, enregistrements et tags compatibles SAM
- Lire par région avec BGZF et un index BAI/CSI
Adapté pour CRAM
Stocker et échanger des alignements avec une compression basée sur une référence · Choisir une stratégie de conservation des qualités et autres champs
- Flux capables d'identifier et récupérer la référence exacte
- Archives documentant compression et paramètres de conservation
Informations générales
| Élément | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| Extension | .bam | .cram |
| Type MIME | application/octet-stream | |
| Usages courants | Stocker et échanger en binaire de grands jeux d'alignements · Interroger des régions d'un fichier trié par coordonnées avec un index | Stocker et échanger des alignements avec une compression basée sur une référence · Choisir une stratégie de conservation des qualités et autres champs |
| Comment ouvrir | Utilisez un logiciel compatible SAM/BAM. Vérifiez noms, longueurs et identifiants de référence, ordre de tri, nombre de lectures, FLAG/CIGAR, qualités et tags. Pour les requêtes régionales, utilisez un index BAI/CSI créé pour ce fichier et son état de tri. | Utilisez un logiciel compatible CRAM. Examinez noms, longueurs, sommes de contrôle ou versions des références, outil de création et paramètres de conservation documentés. Si nécessaire, récupérez la référence exacte localement ou depuis un registre fiable. Pour les requêtes régionales, utilisez un CRAI correspondant au fichier. |
| Exporter ou convertir | BAM vers SAM améliore la lisibilité mais peut fortement augmenter la taille. En convertissant SAM vers BAM, vérifiez champs, tags et ordre. CRAM peut dépendre d'une référence et des paramètres de conservation des qualités ; gardez les références nécessaires. | En convertissant CRAM vers BAM/SAM, résolvez correctement les références et vérifiez la conservation des qualités, tags et noms de lecture. Gardez le CRAM source et comparez nombres, statistiques et enregistrements représentatifs. Pour BAM/SAM vers CRAM, choisissez explicitement la version de référence et l'acceptation éventuelle d'une compression avec perte des qualités. |
Choisir selon l’usage
Conserver en version compressée les en-têtes, enregistrements et tags compatibles SAM
Stocker et échanger en binaire de grands jeux d'alignements · Interroger des régions d'un fichier trié par coordonnées avec un index
BAMLire par région avec BGZF et un index BAI/CSI
Stocker et échanger en binaire de grands jeux d'alignements · Interroger des régions d'un fichier trié par coordonnées avec un index
BAMFlux capables d'identifier et récupérer la référence exacte
Stocker et échanger des alignements avec une compression basée sur une référence · Choisir une stratégie de conservation des qualités et autres champs
CRAMArchives documentant compression et paramètres de conservation
Stocker et échanger des alignements avec une compression basée sur une référence · Choisir une stratégie de conservation des qualités et autres champs
CRAMPoint clé 1
Décoder BAM ne nécessite généralement pas de bases de référence externes.
En savoir plus sur les différencesPoint clé 2
CRAM prend en charge le codage dépendant d’une référence et les références intégrées.
En savoir plus sur les différencesEn savoir plus sur les différences
Définissez qualités et balises à conserver, puis testez les allers-retours et résultats réels. CRAM n’est pas toujours plus petit ou plus rapide.
- Un CRAM dépendant d’une référence exige la bonne référence. Distinguez gestion externe, intégration et modes sans référence ; le fichier seul peut ne pas suffire.
- CRAM autorise des stratégies avec ou sans perte. L’accès régional exige un tri approprié et l’index attendu, tel que CRAI.
Questions fréquentes
CRAM conserve-t-il toujours tous les détails ?
Non. Les réglages et les outils comptent. Vérifiez les valeurs de qualité, les balises, les références et le nombre d’enregistrements ; gardez les originaux jusqu’à validation.