Format Atlas

Guides

Choisir les fichiers de séquençage selon les étapes

Lectures brutes, inspection, stockage et partage exigent des informations différentes. Gérez références, index et conservation avec le format.

Quel format choisir ?

Choisissez selon le rôle de chaque fichier dans votre flux de travail.

  • Vérifier lectures et entrées
  • Valider alignements et index
  • Transmettre un ensemble reproductible

Vérifier lectures et entrées

Contrôlez séquences FASTQ, codage des qualités, correspondance des lectures appariées et effectifs. L’alignement nécessite référence et paramètres. Convertir une représentation existante ne revient pas à aligner les lectures sur une référence.

Valider alignements et index

Inspectez en-têtes et balises dans SAM, puis enregistrez BAM ou CRAM avec des outils compatibles. Préparez tri par coordonnées et index BAI/CSI/CRAI requis. Documentez référence externe ou intégrée et conservation des qualités et balises CRAM ; comparez avant et après.

Transmettre un ensemble reproductible

Joignez données, index, identifiants de référence, versions, paramètres, politique de conservation et sommes de contrôle. Testez le lecteur destinataire et convenez des accès et de la rétention. Les dépôts ont leurs propres exigences de format et métadonnées.

Formats à envisager

FASTQ

Adapté pour: Transmettre lectures brutes et qualités par base

Moins adapté pour: Conserver des alignements avec CIGAR et coordonnées de référence

BAM

Adapté pour: Traiter les alignements avec des outils compatibles

Moins adapté pour: Lire le contenu avec un simple éditeur de texte

CRAM

Adapté pour: Réduire le stockage avec références et conservation maîtrisées

Moins adapté pour: Partager sans vérifier références ou conservation des qualités

Avant l’export

  • Supprimer les noms ne suffit pas nécessairement à anonymiser les séquences humaines. Vérifiez autorisation et contrôles d’accès avant partage.
  • Gardez les originaux jusqu’à validation. Les sommes de contrôle vérifient le transfert, pas la justesse de l’analyse.

Comparaisons associées

FASTA ou FASTQ : séquences et conservation de la qualitéFASTA seul conserve les séquences ; FASTQ ajoute la qualité par base.SAM vs BAMSAM et BAM représentent les mêmes informations d’alignement. SAM est un texte tabulé ; BAM est une représentation binaire compressée en blocs BGZF.BAM vs CRAMBAM représente les alignements compressés en BGZF. CRAM utilise notamment les différences avec une référence ; la conservation dépend des réglages d’écriture.

Guides

Transmettre des annotations génomiques et des pistes de signalDistinguez annotations et signaux numériques, puis convenez de la référence, des coordonnées, des unités et du visualiseur. Cette étape diffère de la conservation des lectures ou alignements.

Références et spécifications