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FASTA ou FASTQ : séquences et conservation de la qualité
FASTA seul conserve les séquences ; FASTQ ajoute la qualité par base.
Quel format choisir ?
Utilisez FASTA pour les références ou assemblages et FASTQ pour l’analyse de lectures avec qualité ; gardez les originaux.
Adapté pour FASTA
Conserver des séquences de référence ou assemblées
- Échanger des séquences sans nécessiter de scores de qualité
Adapté pour FASTQ
Transmettre des lectures de séquençage et leur qualité par base entre étapes d’analyse · Stocker des lectures non alignées, y compris paired-end, avant l’analyse suivante
- Garder ensemble identifiants, séquences et qualités correspondantes
- Soumettre des lectures à des archives comme le SRA du NCBI
Informations générales
| Élément | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| Extension | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| Type MIME | ||
| Usages courants | Conserver des séquences de référence ou assemblées | Transmettre des lectures de séquençage et leur qualité par base entre étapes d’analyse · Stocker des lectures non alignées, y compris paired-end, avant l’analyse suivante |
| Comment ouvrir | Utilisez un lecteur de séquences et vérifiez doublons d’identifiants, symboles et longueurs. samtools faidx exige des lignes de même longueur dans une séquence, sauf la dernière. Recréez .fai après toute modification de séquence ou de saut de ligne. | Utilisez un outil de séquençage compatible avec la variante FASTQ. Vérifiez l’identifiant `@`, les longueurs séquence/qualité, la ligne `+`, le système Phred+33 ou Phred+64 et la documentation de l’instrument ou du pipeline. Pour paired-end, contrôlez l’ordre et les identifiants dans les deux fichiers. Lisez gzip avec un outil compatible ou décompressez. |
| Exporter ou convertir | Exporter seulement la séquence depuis FASTQ supprime la qualité. FASTA ne restitue pas les scores originaux. Si des données QUAL réelles existent, associez identifiants et longueurs et vérifiez le système de qualité avant de combiner. | Pour convertir le codage qualité, identifiez le système Phred ou Solexa et le décalage ASCII d’origine, décodez correctement les scores puis réencodez-les. Exporter seulement les séquences en FASTA supprime les qualités. Produire du SAM/BAM aligné est une étape distincte utilisant une référence et des outils d’analyse, pas un simple changement d’extension. |
Choisir selon l’usage
Échanger des séquences sans nécessiter de scores de qualité
Conserver des séquences de référence ou assemblées
FASTAGarder ensemble identifiants, séquences et qualités correspondantes
Transmettre des lectures de séquençage et leur qualité par base entre étapes d’analyse · Stocker des lectures non alignées, y compris paired-end, avant l’analyse suivante
FASTQSoumettre des lectures à des archives comme le SRA du NCBI
Transmettre des lectures de séquençage et leur qualité par base entre étapes d’analyse · Stocker des lectures non alignées, y compris paired-end, avant l’analyse suivante
FASTQPoint clé 1
FASTA utilise une ligne de définition > suivie de la séquence.
En savoir plus sur les différencesPoint clé 2
FASTQ utilise @, la séquence, un séparateur + et une chaîne de qualité correspondante.
En savoir plus sur les différencesEn savoir plus sur les différences
Déterminez si la séquence suffit ou si un filtrage par qualité est nécessaire. Vérifiez conventions du producteur et attentes du lecteur, pas seulement les extensions.
- L’extraction vers FASTA supprime la qualité originale. Ajouter des valeurs constantes sans QUAL réel ne restitue pas une qualité mesurée.
- Pour combiner un QUAL réel, vérifiez identifiants, nombres d’enregistrements, longueurs et système de qualité. Recréez .fai après modification de séquence ou de sauts de ligne.
Questions fréquentes
Convertir FASTA en FASTQ restitue-t-il la qualité ?
Non. Les scores ne se déduisent pas des lettres de la séquence. N’associez que des qualités originales réelles après vérification des correspondances ; les valeurs fictives ne sont pas des mesures.