Comparer
SAM vs BAM
SAM et BAM représentent les mêmes informations d’alignement. SAM est un texte tabulé ; BAM est une représentation binaire compressée en blocs BGZF.
Quel format choisir ?
Envisagez SAM pour l’inspection et le débogage, BAM pour le stockage et les requêtes par région dans des outils compatibles.
Adapté pour SAM
Échanger sous forme textuelle des lectures et leurs alignements sur une référence · Inspecter les en-têtes et enregistrements lors d'un transfert entre outils
- Examiner noms et longueurs des références, FLAG, CIGAR, MAPQ, séquences, qualités et tags
- Déboguer et vérifier de petits jeux de données
Adapté pour BAM
Stocker et échanger en binaire de grands jeux d'alignements · Interroger des régions d'un fichier trié par coordonnées avec un index
- Conserver en version compressée les en-têtes, enregistrements et tags compatibles SAM
- Lire par région avec BGZF et un index BAI/CSI
Informations générales
| Élément | SAM | BAM |
|---|---|---|
| Extension | .sam | .bam |
| Type MIME | text/plain | application/octet-stream |
| Usages courants | Échanger sous forme textuelle des lectures et leurs alignements sur une référence · Inspecter les en-têtes et enregistrements lors d'un transfert entre outils | Stocker et échanger en binaire de grands jeux d'alignements · Interroger des régions d'un fichier trié par coordonnées avec un index |
| Comment ouvrir | Utilisez un logiciel compatible SAM ou un éditeur de texte. Vérifiez les en-têtes `@HD`, `@SQ`, `@RG`, `@PG`, les onze colonnes obligatoires, les bits FLAG, coordonnées, CIGAR, MAPQ, SEQ/QUAL et tags. Évitez de réordonner les lignes ou de remplacer les tabulations dans un tableur. | Utilisez un logiciel compatible SAM/BAM. Vérifiez noms, longueurs et identifiants de référence, ordre de tri, nombre de lectures, FLAG/CIGAR, qualités et tags. Pour les requêtes régionales, utilisez un index BAI/CSI créé pour ce fichier et son état de tri. |
| Exporter ou convertir | Lors du passage de SAM à BAM, vérifiez les en-têtes, indicateurs, CIGAR, qualités, tags et ordre. Un BAM trié par coordonnées peut être indexé selon les exigences de l'outil. Créer SAM depuis FASTQ nécessite une référence et un alignement ; ce n'est pas une simple conversion de format. | BAM vers SAM améliore la lisibilité mais peut fortement augmenter la taille. En convertissant SAM vers BAM, vérifiez champs, tags et ordre. CRAM peut dépendre d'une référence et des paramètres de conservation des qualités ; gardez les références nécessaires. |
Choisir selon l’usage
Examiner noms et longueurs des références, FLAG, CIGAR, MAPQ, séquences, qualités et tags
Échanger sous forme textuelle des lectures et leurs alignements sur une référence · Inspecter les en-têtes et enregistrements lors d'un transfert entre outils
SAMDéboguer et vérifier de petits jeux de données
Échanger sous forme textuelle des lectures et leurs alignements sur une référence · Inspecter les en-têtes et enregistrements lors d'un transfert entre outils
SAMConserver en version compressée les en-têtes, enregistrements et tags compatibles SAM
Stocker et échanger en binaire de grands jeux d'alignements · Interroger des régions d'un fichier trié par coordonnées avec un index
BAMLire par région avec BGZF et un index BAI/CSI
Stocker et échanger en binaire de grands jeux d'alignements · Interroger des régions d'un fichier trié par coordonnées avec un index
BAMPoint clé 1
SAM peut être inspecté avec des outils texte.
En savoir plus sur les différencesPoint clé 2
BAM nécessite un décodeur compatible.
En savoir plus sur les différencesEn savoir plus sur les différences
La conversion seule ne trie ni n’indexe le fichier. Triez par coordonnées et créez l’index BAI/CSI requis par le destinataire.
- FLAG, CIGAR, MAPQ et les balises ont des significations définies. Éditer SAM comme un tableau ordinaire peut rompre la cohérence avec les dictionnaires de référence.
- Le BGZF de BAM ne doit pas être traité comme du gzip ordinaire. Les requêtes régionales nécessitent un index approprié et des données triées par coordonnées.
Questions fréquentes
BAM améliore-t-il la précision de l’alignement ?
Non. Changer la représentation ne réaligne pas les lectures. Comparez le nombre d’enregistrements, les références, les balises et les valeurs de qualité, et vérifiez les filtres de conversion.