Données
GTF : texte d’annotation des gènes et transcrits
GTF comporte neuf colonnes tabulées. Les coordonnées commencent à un et sont inclusives ; les attributs incluent gene_id et transcript_id. Les exigences varient selon producteur et lecteur.
.gtfTexte d’annotation des transcrits
Quand choisir ce format
- Entrée pour les outils d’expression exigeant GTF
Quand éviter ce format
- Conserver les séquences ou la qualité des lectures
Usages courants
- Partager les positions de gènes, transcrits et exons
Caractéristiques
- Attributs avec une syntaxe comme gene_id "valeur";
Avantages et inconvénients
Avantages
- Relier gènes et transcrits pour l’analyse
Inconvénients
- Ne remplace pas directement ID=valeur et Parent de GFF3
Ouvrir et convertir
Comment ouvrir
Vérifiez référence, noms, séparateurs et attributs avec un lecteur GTF. Reliez exons et CDS par identifiant de transcrit ; contrôlez types et colonne huit selon le lecteur.
Comment convertir
Mappez gene_id/transcript_id vers des relations ID/Parent GFF3 adaptées. Renommer ne suffit pas. Vérifiez lignes, coordonnées, brin, CDS et attributs ; conservez l’original.
Précautions
- Ensembl montre des lignes gene sans transcript_id. N’imposez pas les mêmes attributs à tous les producteurs ou types de ligne. Notez version, référence, provenance et partage.
Questions fréquentes
Une même référence implique-t-elle une annotation identique ?
Non. Versions et producteurs changent identifiants, éléments et transcrits. Gardez l’annotation utilisée, sa version et son empreinte.