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GTF ou GFF3 : attributs et correspondance des transcrits
Tous deux ont neuf colonnes, mais syntaxe des attributs et relations diffèrent.
Quel format choisir ?
Utilisez un GTF compatible si exigé ; envisagez un GFF3 accepté pour échanger des hiérarchies.
Adapté pour GTF
Partager les positions de gènes, transcrits et exons
- Entrée pour les outils d’expression exigeant GTF
Adapté pour GFF3
Annoter gènes, transcrits et exons
- Échanger types, attributs et relations
Informations générales
| Élément | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| Extension | .gtf | .gff3, .gff |
| Type MIME | ||
| Usages courants | Partager les positions de gènes, transcrits et exons | Annoter gènes, transcrits et exons |
| Comment ouvrir | Vérifiez référence, noms, séparateurs et attributs avec un lecteur GTF. Reliez exons et CDS par identifiant de transcrit ; contrôlez types et colonne huit selon le lecteur. | Vérifiez directive de version, références, neuf colonnes et échappement avec un lecteur GFF3. Contrôlez ID/Parent ; un ID répété peut désigner un élément discontinu, pas un doublon accidentel. |
| Exporter ou convertir | Mappez gene_id/transcript_id vers des relations ID/Parent GFF3 adaptées. Renommer ne suffit pas. Vérifiez lignes, coordonnées, brin, CDS et attributs ; conservez l’original. | Pour extraire un intervalle ordinaire en BED, retranchez 1 au début et gardez la fin. Définissez sélection et fusion ; conservez l’original si attributs, hiérarchie ou phase des CDS sont perdus. |
Choisir selon l’usage
Entrée pour les outils d’expression exigeant GTF
Partager les positions de gènes, transcrits et exons
GTFÉchanger types, attributs et relations
Annoter gènes, transcrits et exons
GFF3Point clé 1
GTF utilise des attributs comme gene_id "valeur";.
En savoir plus sur les différencesPoint clé 2
GFF3 utilise des attributs comme ID=valeur;Parent=valeur.
En savoir plus sur les différencesEn savoir plus sur les différences
Convenez des types, identifiants de transcrits, attributs et interprétation, pas seulement de l’extension ou du nombre de colonnes.
- Les coordonnées ordinaires commencent à un et sont inclusives dans les deux ; aucun ajustement BED n’est nécessaire. Vérifiez référence, brin, colonne huit des CDS et codon stop selon le producteur.
- Mappez explicitement IDs GTF et hiérarchie, parents multiples et éléments discontinus GFF3. Notez les éléments ou attributs non pris en charge ; vérifiez nombres et conservez l’original.
Questions fréquentes
Renommer les attributs suffit-il pour convertir ?
Non. Syntaxe, relations et règles du producteur diffèrent. Comparez les éléments par transcrit et les attributs conservés.