तुलना
BAM vs CRAM
BAM संरेखण को BGZF से संपीड़ित करता है। CRAM संदर्भ से अंतर और अन्य एन्कोडिंग उपयोग करता है; जानकारी का संरक्षण लेखन सेटिंग पर निर्भर है।
कौन-सा फ़ॉर्मैट चुनें?
व्यापक उपकरण संगतता के लिए BAM, संदर्भ और संरक्षण सेटिंग सँभालकर आकार घटाने के लिए CRAM पर विचार करें।
इसके लिए उपयुक्त BAM
बड़े read-alignment डेटा को बाइनरी रूप में रखना और साझा करना · index से coordinate-sorted डेटा के क्षेत्रों को query करना
- SAM-compatible headers, records और tags को संपीड़ित रूप में रखना
- BGZF और BAI/CSI index के साथ क्षेत्रवार पढ़ना
इसके लिए उपयुक्त CRAM
Reference-आधारित compression से alignment डेटा संग्रहित और साझा करना · Quality और अन्य fields के लिए preservation नीति चुनना
- ऐसे workflow जो सटीक reference पहचानकर प्राप्त कर सकते हैं
- ऐसे archive जिनमें compression और preservation सेटिंग दर्ज हों
मूल जानकारी
| मद | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| एक्सटेंशन | .bam | .cram |
| MIME प्रकार | application/octet-stream | |
| सामान्य उपयोग | बड़े read-alignment डेटा को बाइनरी रूप में रखना और साझा करना · index से coordinate-sorted डेटा के क्षेत्रों को query करना | Reference-आधारित compression से alignment डेटा संग्रहित और साझा करना · Quality और अन्य fields के लिए preservation नीति चुनना |
| कैसे खोलें | SAM/BAM समर्थित सॉफ़्टवेयर उपयोग करें। reference नाम, लंबाई और ID, sort क्रम, read संख्या, FLAG/CIGAR, quality और tags जाँचें। क्षेत्रीय query के लिए उसी फ़ाइल और sort स्थिति हेतु बना BAI/CSI index उपयोग करें। | CRAM-सक्षम software उपयोग करें। Reference नाम, लंबाई, checksum या version, बनाने वाला tool और दर्ज preservation settings देखें। जरूरत हो तो मेल खाता reference स्थानीय रूप से या भरोसेमंद registry से प्राप्त करें। क्षेत्रीय query के लिए उसी फ़ाइल का CRAI index उपयोग करें। |
| निर्यात या रूपांतरण | BAM से SAM करने पर पढ़ना आसान है, पर आकार बढ़ सकता है। SAM से BAM में fields, tags और क्रम जाँचें। CRAM को reference और quality-संरक्षण सेटिंग की जरूरत हो सकती है; आवश्यक reference सुरक्षित रखें। | CRAM को BAM/SAM में बदलते समय references सही resolve करें और जाँचें कि qualities, tags और read नाम बचे हैं। स्रोत CRAM रखें और counts, statistics तथा नमूना records की तुलना करें। BAM/SAM से CRAM बनाते समय reference version और lossy quality compression की अनुमति स्पष्ट रूप से चुनें। |
उपयोग के अनुसार चुनें
SAM-compatible headers, records और tags को संपीड़ित रूप में रखना
बड़े read-alignment डेटा को बाइनरी रूप में रखना और साझा करना · index से coordinate-sorted डेटा के क्षेत्रों को query करना
BAMBGZF और BAI/CSI index के साथ क्षेत्रवार पढ़ना
बड़े read-alignment डेटा को बाइनरी रूप में रखना और साझा करना · index से coordinate-sorted डेटा के क्षेत्रों को query करना
BAMऐसे workflow जो सटीक reference पहचानकर प्राप्त कर सकते हैं
Reference-आधारित compression से alignment डेटा संग्रहित और साझा करना · Quality और अन्य fields के लिए preservation नीति चुनना
CRAMऐसे archive जिनमें compression और preservation सेटिंग दर्ज हों
Reference-आधारित compression से alignment डेटा संग्रहित और साझा करना · Quality और अन्य fields के लिए preservation नीति चुनना
CRAMमुख्य बिंदु 1
BAM डिकोडिंग को सामान्यतः बाहरी संदर्भ के बेस नहीं चाहिए।
अंतर के बारे में विस्तार सेमुख्य बिंदु 2
CRAM संदर्भ-निर्भर एन्कोडिंग और अंतर्निहित संदर्भ समर्थन करता है।
अंतर के बारे में विस्तार सेअंतर के बारे में विस्तार से
आवश्यक गुणवत्ता मान और टैग तय करें, फिर वास्तविक डेटा पर आगे-पीछे रूपांतरण और विश्लेषण जाँचें। CRAM हमेशा छोटा या तेज नहीं होता।
- संदर्भ-निर्भर CRAM को सही संदर्भ चाहिए। बाहरी प्रबंधन, अंतर्निहित संदर्भ और बिना संदर्भ वाली सेटिंग अलग हैं; केवल फ़ाइल देना पर्याप्त न हो।
- CRAM दोषरहित और हानि वाली संरक्षण रणनीतियाँ अपनाता है। क्षेत्रवार पहुँच को सही क्रम और उपकरण का आवश्यक इंडेक्स, जैसे CRAI, चाहिए।
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
क्या CRAM हमेशा सारी जानकारी सुरक्षित रखता है?
नहीं। सेटिंग और उपकरण महत्त्वपूर्ण हैं। गुणवत्ता, टैग, संदर्भ और रिकॉर्ड संख्या जाँचें; सत्यापन पूरा होने तक मूल डेटा रखें।