तुलना
bedGraph बनाम bigWig: संख्यात्मक पाठ और इंडेक्सयुक्त वितरण
bedGraph क्षेत्र-मान पाठ है; bigWig इंडेक्सयुक्त संख्यात्मक ट्रैक है।
कौन-सा फ़ॉर्मैट चुनें?
जाँच और प्रसंस्करण के लिए bedGraph, बड़े दूरस्थ क्षेत्र एक्सेस के लिए bigWig चुनें।
इसके लिए उपयुक्त bedGraph
जीनोम सिग्नल ट्रैक साझा करना
- अलग लंबाई वाले क्षेत्रों के मान जाँचना
इसके लिए उपयुक्त bigWig
बड़े जीनोम सिग्नल वितरित करना
- चुने क्षेत्र के मान पढ़ना
मूल जानकारी
| मद | bedGraph | bigWig |
|---|---|---|
| एक्सटेंशन | .bedGraph | .bw, .bigWig |
| MIME प्रकार | ||
| सामान्य उपयोग | जीनोम सिग्नल ट्रैक साझा करना | बड़े जीनोम सिग्नल वितरित करना |
| कैसे खोलें | संगत रीडर से संदर्भ, नाम, निर्देशांक और मान जाँचें। कस्टम ट्रैक की track/browser पंक्तियों को विश्लेषण पंक्तियों से अलग रखें और हेडर समर्थन जाँचें। | bigWig रीडर से संदर्भ, कवरेज और मान जाँचें। सारांश और मूल क्षेत्र मान अलग रखें; वास्तविक होस्ट में दूरस्थ और आंशिक पढ़ाई जाँचें। |
| निर्यात या रूपांतरण | bigWig के लिए एक ट्रैक क्रमबद्ध करें, प्रति गुणसूत्र बिना ओवरलैप क्षेत्र और सही chrom.sizes लें। प्रदर्शन हेडर हटाएँ और स्थान, मान तथा कवरेज जाँचें। | bedGraphToBigWig को क्रमबद्ध, बिना ओवरलैप क्षेत्र और सही chrom.sizes चाहिए। प्रदर्शन हेडर हटाकर निर्देशांक, दर्ज क्षेत्र और मान मिलाएँ। बदलाव के बाद मूल से फिर बनाएँ। |
उपयोग के अनुसार चुनें
अलग लंबाई वाले क्षेत्रों के मान जाँचना
जीनोम सिग्नल ट्रैक साझा करना
bedGraphचुने क्षेत्र के मान पढ़ना
बड़े जीनोम सिग्नल वितरित करना
bigWigमुख्य बिंदु 1
bedGraph में गुणसूत्र, आरंभ, अंत और मान हैं।
अंतर के बारे में विस्तार सेमुख्य बिंदु 2
bigWig रीडर क्षेत्र डेटा या सारांश पढ़ते हैं।
अंतर के बारे में विस्तार सेअंतर के बारे में विस्तार से
संदर्भ, इकाई, सामान्यीकरण, गायब डेटा का अर्थ और परिशुद्धता तय करें। आकार या गति के साथ API और होस्टिंग जाँचें।
- bedGraphToBigWig के लिए एक ट्रैक क्रमबद्ध करें, ओवरलैप हल करें, chrom.sizes मिलाएँ और प्रदर्शन हेडर हटाएँ। bedGraph क्षेत्र के आरंभ को एक स्थान बदलना आवश्यक नहीं।
- एकल परिशुद्धता मान राउंड कर सकती है; सहनशीलता तय करें। अदर्ज और शून्य, सारांश औसत और मूल मान अलग रखें; निर्यात जाँचें।
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
क्या रूपांतरण के बाद मूल पाठ हटाया जा सकता है?
नहीं। दशमलव लेखन या प्रदर्शन सेटिंग की सटीक वापसी निश्चित नहीं। मूल, संदर्भ और निर्माण विकल्प रखें।