तुलना
FASTA और FASTQ: अनुक्रम और गुणवत्ता संरक्षण
FASTA अकेले अनुक्रम रखता है; FASTQ प्रति-बेस गुणवत्ता भी रखता है।
कौन-सा फ़ॉर्मैट चुनें?
संदर्भ या असेंबल अनुक्रम के लिए FASTA और गुणवत्ता आधारित रीड विश्लेषण के लिए FASTQ चुनें; मूल फ़ाइलें रखें।
इसके लिए उपयुक्त FASTA
संदर्भ या असेंबल किए गए न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम रखना
- गुणवत्ता स्कोर की आवश्यकता के बिना अनुक्रम साझा करना
इसके लिए उपयुक्त FASTQ
विश्लेषण चरणों के बीच सीक्वेंस रीड और प्रति-बेस गुणवत्ता स्कोर भेजना · आगे के विश्लेषण से पहले unaligned रीड, जिनमें paired-end भी हों, सहेजना
- रीड पहचान, अनुक्रम और संबंधित बेस गुणवत्ता साथ रखना
- NCBI SRA जैसे संग्रह में रीड डेटा जमा करना
मूल जानकारी
| मद | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| एक्सटेंशन | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| MIME प्रकार | ||
| सामान्य उपयोग | संदर्भ या असेंबल किए गए न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम रखना | विश्लेषण चरणों के बीच सीक्वेंस रीड और प्रति-बेस गुणवत्ता स्कोर भेजना · आगे के विश्लेषण से पहले unaligned रीड, जिनमें paired-end भी हों, सहेजना |
| कैसे खोलें | अनुक्रम टूल से खोलें और दोहराए पहचानकर्ता, चिह्न और लंबाई जाँचें। samtools faidx में हर अनुक्रम की अंतिम पंक्ति छोड़कर पंक्तियों की लंबाई समान होनी चाहिए। अनुक्रम या लाइन ब्रेक बदलने पर .fai फिर बनाएँ। | FASTQ वेरिएंट समर्थित सीक्वेंसिंग टूल से खोलें। `@` पहचान, अनुक्रम और गुणवत्ता की लंबाई, `+` पंक्ति, Phred+33/Phred+64 प्रणाली तथा उपकरण या pipeline दस्तावेज़ जाँचें। paired-end में दोनों फ़ाइलों का क्रम और पहचान मिलाएँ। gzip फ़ाइल संगत टूल से पढ़ें या खोलें। |
| निर्यात या रूपांतरण | FASTQ से केवल अनुक्रम निकालने पर गुणवत्ता खो जाती है। FASTA मूल स्कोर पुनः नहीं बनाता। वास्तविक QUAL हो तो पहचानकर्ता और लंबाई मिलाएँ तथा जोड़ने से पहले गुणवत्ता प्रणाली जाँचें। | गुणवत्ता एन्कोडिंग बदलने से पहले मूल Phred या Solexa प्रणाली और ASCII offset पहचानें, संख्यात्मक स्कोर सही decode करें और फिर दोबारा encode करें। केवल अनुक्रम को FASTA में निर्यात करने से गुणवत्ता मान खो जाते हैं। aligned SAM/BAM बनाने के लिए reference और अलग विश्लेषण प्रक्रिया चाहिए; यह केवल एक्सटेंशन बदलना नहीं है। |
उपयोग के अनुसार चुनें
गुणवत्ता स्कोर की आवश्यकता के बिना अनुक्रम साझा करना
संदर्भ या असेंबल किए गए न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम रखना
FASTAरीड पहचान, अनुक्रम और संबंधित बेस गुणवत्ता साथ रखना
विश्लेषण चरणों के बीच सीक्वेंस रीड और प्रति-बेस गुणवत्ता स्कोर भेजना · आगे के विश्लेषण से पहले unaligned रीड, जिनमें paired-end भी हों, सहेजना
FASTQNCBI SRA जैसे संग्रह में रीड डेटा जमा करना
विश्लेषण चरणों के बीच सीक्वेंस रीड और प्रति-बेस गुणवत्ता स्कोर भेजना · आगे के विश्लेषण से पहले unaligned रीड, जिनमें paired-end भी हों, सहेजना
FASTQमुख्य बिंदु 1
FASTA में > परिभाषा पंक्ति के बाद अनुक्रम होता है।
अंतर के बारे में विस्तार सेमुख्य बिंदु 2
FASTQ में @, अनुक्रम, + विभाजक और मेल खाती गुणवत्ता स्ट्रिंग होती है।
अंतर के बारे में विस्तार सेअंतर के बारे में विस्तार से
तय करें कि केवल अनुक्रम पर्याप्त है या गुणवत्ता आधारित फ़िल्टर भी चाहिए। केवल एक्सटेंशन नहीं, निर्माता की परंपरा और रीडर की अपेक्षा जाँचें।
- FASTA में अनुक्रम निकालने से मूल गुणवत्ता खो जाती है। वास्तविक QUAL के बिना स्थिर मान जोड़ना मापी गई गुणवत्ता लौटाना नहीं है।
- वास्तविक QUAL जोड़ते समय पहचानकर्ता, रिकॉर्ड संख्या, लंबाई और गुणवत्ता प्रणाली मिलाएँ। अनुक्रम या लाइन ब्रेक बदलने पर संदर्भ .fai फिर बनाएँ।
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
FASTA को FASTQ में बदलने से गुणवत्ता लौटती है?
नहीं। अनुक्रम के अक्षरों से स्कोर नहीं बनाए जा सकते। केवल वास्तविक मूल गुणवत्ता को सत्यापित मेल के साथ जोड़ें; अस्थायी मान माप नहीं हैं।