तुलना
SAM vs BAM
SAM और BAM समान संरेखण जानकारी व्यक्त करते हैं। SAM टैब-विभाजित पाठ है; BAM BGZF ब्लॉक में संपीड़ित बाइनरी रूप है।
कौन-सा फ़ॉर्मैट चुनें?
सामग्री जाँच और डीबगिंग के लिए SAM, संगत विश्लेषण उपकरणों में भंडारण और क्षेत्रवार खोज के लिए BAM पर विचार करें।
इसके लिए उपयुक्त SAM
सीक्वेंसिंग reads और reference पर उनके alignment को टेक्स्ट में साझा करना · टूल के बीच परिणाम देते समय हेडर और रिकॉर्ड जाँचना
- reference नाम और लंबाई, FLAG, CIGAR, MAPQ, अनुक्रम, गुणवत्ता और tags देखना
- डिबगिंग और छोटे डेटा की जाँच
इसके लिए उपयुक्त BAM
बड़े read-alignment डेटा को बाइनरी रूप में रखना और साझा करना · index से coordinate-sorted डेटा के क्षेत्रों को query करना
- SAM-compatible headers, records और tags को संपीड़ित रूप में रखना
- BGZF और BAI/CSI index के साथ क्षेत्रवार पढ़ना
मूल जानकारी
| मद | SAM | BAM |
|---|---|---|
| एक्सटेंशन | .sam | .bam |
| MIME प्रकार | text/plain | application/octet-stream |
| सामान्य उपयोग | सीक्वेंसिंग reads और reference पर उनके alignment को टेक्स्ट में साझा करना · टूल के बीच परिणाम देते समय हेडर और रिकॉर्ड जाँचना | बड़े read-alignment डेटा को बाइनरी रूप में रखना और साझा करना · index से coordinate-sorted डेटा के क्षेत्रों को query करना |
| कैसे खोलें | SAM-सक्षम सॉफ़्टवेयर या टेक्स्ट editor उपयोग करें। `@HD`, `@SQ`, `@RG`, `@PG` headers, 11 अनिवार्य columns, FLAG bits, reference coordinates, CIGAR, MAPQ, SEQ/QUAL और tags जाँचें। Spreadsheet से पंक्तियों का क्रम या tabs न बदलें। | SAM/BAM समर्थित सॉफ़्टवेयर उपयोग करें। reference नाम, लंबाई और ID, sort क्रम, read संख्या, FLAG/CIGAR, quality और tags जाँचें। क्षेत्रीय query के लिए उसी फ़ाइल और sort स्थिति हेतु बना BAI/CSI index उपयोग करें। |
| निर्यात या रूपांतरण | SAM से BAM बनाते समय headers, flags, CIGAR, quality, tags और क्रम जाँचें। Coordinate-sorted BAM को टूल की शर्तों के अनुसार index किया जा सकता है। FASTQ से SAM बनाने के लिए reference और alignment प्रक्रिया चाहिए; यह साधारण format conversion नहीं है। | BAM से SAM करने पर पढ़ना आसान है, पर आकार बढ़ सकता है। SAM से BAM में fields, tags और क्रम जाँचें। CRAM को reference और quality-संरक्षण सेटिंग की जरूरत हो सकती है; आवश्यक reference सुरक्षित रखें। |
उपयोग के अनुसार चुनें
reference नाम और लंबाई, FLAG, CIGAR, MAPQ, अनुक्रम, गुणवत्ता और tags देखना
सीक्वेंसिंग reads और reference पर उनके alignment को टेक्स्ट में साझा करना · टूल के बीच परिणाम देते समय हेडर और रिकॉर्ड जाँचना
SAMडिबगिंग और छोटे डेटा की जाँच
सीक्वेंसिंग reads और reference पर उनके alignment को टेक्स्ट में साझा करना · टूल के बीच परिणाम देते समय हेडर और रिकॉर्ड जाँचना
SAMSAM-compatible headers, records और tags को संपीड़ित रूप में रखना
बड़े read-alignment डेटा को बाइनरी रूप में रखना और साझा करना · index से coordinate-sorted डेटा के क्षेत्रों को query करना
BAMBGZF और BAI/CSI index के साथ क्षेत्रवार पढ़ना
बड़े read-alignment डेटा को बाइनरी रूप में रखना और साझा करना · index से coordinate-sorted डेटा के क्षेत्रों को query करना
BAMमुख्य बिंदु 1
SAM पाठ उपकरणों से जाँचा जा सकता है।
अंतर के बारे में विस्तार सेमुख्य बिंदु 2
BAM को संगत डिकोडर चाहिए।
अंतर के बारे में विस्तार सेअंतर के बारे में विस्तार से
केवल रूपांतरण से क्रमबद्धता या इंडेक्स नहीं बनता। निर्देशांक के अनुसार क्रमबद्ध करें और आवश्यक BAI/CSI इंडेक्स बनाएँ।
- FLAG, CIGAR, MAPQ और वैकल्पिक टैग के निर्धारित अर्थ हैं। SAM को सामान्य तालिका की तरह संपादित करने से संदर्भ शब्दकोश और रिकॉर्ड का मेल टूट सकता है।
- BAM के BGZF को सामान्य gzip न मानें। क्षेत्रवार खोज के लिए सही इंडेक्स और निर्देशांक-क्रमबद्ध डेटा चाहिए।
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
क्या BAM से मैपिंग की सटीकता बढ़ती है?
नहीं। रूप बदलना रीड को दोबारा संरेखित करना नहीं है। रिकॉर्ड संख्या, संदर्भ, टैग और गुणवत्ता मान मिलाएँ तथा रूपांतरण फ़िल्टर जाँचें।