Bandingkan
BAM vs CRAM
BAM merepresentasikan alignment dengan kompresi BGZF. CRAM memakai perbedaan referensi dan pengodean lain; preservasi bergantung pada pengaturan penulis.
Format mana yang sebaiknya dipilih?
Pertimbangkan BAM untuk kompatibilitas luas, CRAM untuk mengurangi penyimpanan jika referensi dan preservasi dapat dikelola.
Cocok untuk BAM
Menyimpan dan bertukar data alignment read besar dalam bentuk biner · Mengakses wilayah tertentu dari data terurut koordinat melalui indeks
- Menyimpan header, rekaman, dan tag kompatibel SAM secara ringkas
- Membaca per wilayah dengan BGZF dan indeks BAI/CSI
Cocok untuk CRAM
Menyimpan dan bertukar data alignment dengan kompresi berbasis referensi · Memilih kebijakan preservasi kualitas dan field lainnya
- Alur kerja yang dapat mengidentifikasi dan memperoleh referensi tepat
- Arsip yang mencatat kompresi dan pengaturan preservasi
Informasi dasar
| Item | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| Ekstensi | .bam | .cram |
| Tipe MIME | application/octet-stream | |
| Penggunaan umum | Menyimpan dan bertukar data alignment read besar dalam bentuk biner · Mengakses wilayah tertentu dari data terurut koordinat melalui indeks | Menyimpan dan bertukar data alignment dengan kompresi berbasis referensi · Memilih kebijakan preservasi kualitas dan field lainnya |
| Cara membuka | Gunakan perangkat lunak yang mendukung SAM/BAM. Periksa nama, panjang, dan ID referensi, urutan sortir, jumlah read, FLAG/CIGAR, kualitas, dan tag. Untuk kueri wilayah, gunakan indeks BAI/CSI yang dibuat bagi berkas dan kondisi urutannya. | Gunakan perangkat lunak yang mendukung CRAM. Periksa nama, panjang, checksum atau versi referensi, alat pembuat, dan pengaturan preservasi yang didokumentasikan. Jika diperlukan, ambil referensi yang cocok secara lokal atau dari registri tepercaya. Untuk kueri wilayah, gunakan CRAI yang cocok dengan berkas. |
| Ekspor atau konversi | BAM ke SAM lebih mudah dibaca tetapi ukuran bisa bertambah besar. Saat SAM ke BAM, validasi field, tag, dan urutan. CRAM mungkin memerlukan referensi serta pengaturan preservasi kualitas; simpan referensi yang diperlukan. | Saat mengonversi CRAM ke BAM/SAM, selesaikan referensi dengan benar dan pastikan kualitas, tag, serta nama read dipertahankan. Simpan CRAM sumber lalu bandingkan jumlah rekaman, statistik, dan rekaman contoh. Untuk BAM/SAM ke CRAM, tentukan versi referensi dan apakah kompresi kualitas lossy dapat diterima. |
Pilih menurut penggunaan
Menyimpan header, rekaman, dan tag kompatibel SAM secara ringkas
Menyimpan dan bertukar data alignment read besar dalam bentuk biner · Mengakses wilayah tertentu dari data terurut koordinat melalui indeks
BAMMembaca per wilayah dengan BGZF dan indeks BAI/CSI
Menyimpan dan bertukar data alignment read besar dalam bentuk biner · Mengakses wilayah tertentu dari data terurut koordinat melalui indeks
BAMAlur kerja yang dapat mengidentifikasi dan memperoleh referensi tepat
Menyimpan dan bertukar data alignment dengan kompresi berbasis referensi · Memilih kebijakan preservasi kualitas dan field lainnya
CRAMArsip yang mencatat kompresi dan pengaturan preservasi
Menyimpan dan bertukar data alignment dengan kompresi berbasis referensi · Memilih kebijakan preservasi kualitas dan field lainnya
CRAMPoin utama 1
Dekode BAM biasanya tidak membutuhkan basa referensi eksternal.
Perbedaan lebih lanjutPoin utama 2
CRAM mendukung pengodean berbasis referensi dan referensi tertanam.
Perbedaan lebih lanjutPerbedaan lebih lanjut
Tentukan kualitas dan tag yang harus dipertahankan lalu uji konversi bolak-balik dan hasil analisis. CRAM tidak selalu lebih kecil atau cepat.
- CRAM berbasis referensi membutuhkan referensi yang benar. Bedakan pengelolaan eksternal, penyematan dan mode tanpa referensi; file saja mungkin tidak cukup.
- CRAM mengizinkan strategi tanpa kehilangan maupun dengan kehilangan. Akses wilayah memerlukan pengurutan dan indeks yang tepat, seperti CRAI.
Pertanyaan umum
Apakah CRAM selalu menjaga semua detail?
Tidak. Pengaturan dan alat berpengaruh. Verifikasi kualitas, tag, referensi dan jumlah rekaman; simpan data asli sampai validasi selesai.