Format Atlas

Panduan

Memilih berkas sekuensing menurut tahap kerja

Read mentah, inspeksi alignment, penyimpanan dan berbagi memerlukan informasi berbeda. Kelola referensi, indeks dan preservasi bersama format.

Format mana yang sebaiknya dipilih?

Pilih berdasarkan peran setiap berkas dalam alur kerja.

  • Periksa read dan masukan
  • Validasi alignment dan indeks
  • Kirim paket yang dapat direproduksi

Periksa read dan masukan

Periksa sekuens FASTQ, pengodean kualitas, pasangan paired-end dan jumlah read. Alignment membutuhkan referensi dan pengaturan. Mengonversi representasi yang ada berbeda dari memetakan read ke referensi.

Validasi alignment dan indeks

Periksa header dan tag di SAM lalu simpan BAM atau CRAM dengan alat kompatibel. Siapkan pengurutan koordinat dan indeks BAI/CSI/CRAI yang diperlukan. Catat pengambilan atau penyematan referensi CRAM serta preservasi kualitas/tag; bandingkan sebelum dan sesudah.

Kirim paket yang dapat direproduksi

Sertakan data, indeks, pengenal referensi, versi, pengaturan, kebijakan preservasi dan checksum. Uji pembaca penerima dan sepakati akses serta retensi. Repositori memiliki persyaratan format dan metadata sendiri.

Format yang disarankan

FASTQ

Cocok untuk: Kirim read mentah dan kualitas per basa

Kurang cocok untuk: Simpan alignment dengan CIGAR dan koordinat referensi

BAM

Cocok untuk: Proses alignment dengan alat kompatibel

Kurang cocok untuk: Baca isi hanya dengan editor teks

CRAM

Cocok untuk: Kurangi penyimpanan dengan referensi dan preservasi terkelola

Kurang cocok untuk: Berbagi tanpa memastikan referensi atau retensi kualitas

Periksa sebelum mengekspor

  • Menghapus nama saja belum tentu menganonimkan sekuens manusia. Periksa izin dan kontrol akses sebelum berbagi.
  • Simpan asli hingga validasi selesai. Checksum memverifikasi integritas transfer, bukan kebenaran analisis.

Perbandingan terkait

FASTA atau FASTQ: urutan dan retensi kualitasFASTA sendiri menyimpan urutan; FASTQ menambahkan kualitas per basa.SAM vs BAMSAM dan BAM mewakili informasi alignment yang sama. SAM berupa teks bertab; BAM berupa biner yang dikompresi dalam blok BGZF.BAM vs CRAMBAM merepresentasikan alignment dengan kompresi BGZF. CRAM memakai perbedaan referensi dan pengodean lain; preservasi bergantung pada pengaturan penulis.

Panduan

Menyerahkan anotasi genom dan trek sinyalPisahkan anotasi dari sinyal numerik dan sepakati referensi, koordinat, satuan, serta penampil. Ini berbeda dari menyimpan read mentah atau hasil penyelarasan.

Referensi dan spesifikasi