Bandingkan
bedGraph atau bigWig: teks numerik dan distribusi berindeks
bedGraph adalah teks interval-nilai; bigWig trek numerik berindeks.
Format mana yang sebaiknya dipilih?
Pertimbangkan bedGraph untuk pemeriksaan dan pemrosesan, bigWig untuk akses wilayah jarak jauh besar.
Cocok untuk bedGraph
Membagikan trek sinyal genom
- Memeriksa nilai interval dengan panjang bervariasi
Cocok untuk bigWig
Mendistribusikan sinyal genom besar
- Membaca nilai wilayah tertentu
Informasi dasar
| Item | bedGraph | bigWig |
|---|---|---|
| Ekstensi | .bedGraph | .bw, .bigWig |
| Tipe MIME | ||
| Penggunaan umum | Membagikan trek sinyal genom | Mendistribusikan sinyal genom besar |
| Cara membuka | Periksa referensi, nama, koordinat dan nilai dengan pembaca sesuai. Pisahkan track/browser untuk trek khusus dari baris analisis dan periksa dukungan header. | Periksa referensi, cakupan dan nilai dengan pembaca bigWig. Bedakan ringkasan dari nilai interval; uji akses jarak jauh dan baca parsial pada host nyata. |
| Ekspor atau konversi | Untuk bigWig, urutkan satu trek tanpa interval tumpang tindih per kromosom dengan chrom.sizes sesuai. Hapus header tampilan dan verifikasi posisi, nilai dan cakupan. | bedGraphToBigWig memerlukan interval terurut tanpa tumpang tindih dan chrom.sizes sesuai. Hapus header tampilan dan bandingkan koordinat, wilayah tercatat dan nilai. Buat ulang dari asli setelah edit. |
Pilih menurut penggunaan
Memeriksa nilai interval dengan panjang bervariasi
Membagikan trek sinyal genom
bedGraphMembaca nilai wilayah tertentu
Mendistribusikan sinyal genom besar
bigWigPoin utama 1
bedGraph berisi kromosom, awal, akhir dan nilai.
Perbedaan lebih lanjutPoin utama 2
Pembaca bigWig mengambil interval atau ringkasan.
Perbedaan lebih lanjutPerbedaan lebih lanjut
Sepakati referensi, satuan, normalisasi, makna data hilang dan presisi. Periksa API dan hosting, bukan ukuran atau kecepatan saja.
- Untuk bedGraphToBigWig, urutkan satu trek, selesaikan tumpang tindih, cocokkan chrom.sizes dan hapus header. Interval dari bedGraph tidak perlu pergeseran awal.
- Presisi tunggal dapat membulatkan nilai; tetapkan toleransi. Bedakan wilayah tak tercatat dari nol dan rata-rata ringkasan dari nilai dasar; validasi ekspor.
Pertanyaan umum
Bolehkah teks asli dibuang setelah konversi?
Tidak. Pemulihan desimal atau pengaturan tampilan secara tepat tidak dijamin. Simpan asli, referensi dan pengaturan pembuatan.