Format Atlas

Panduan

Menyerahkan anotasi genom dan trek sinyal

Pisahkan anotasi dari sinyal numerik dan sepakati referensi, koordinat, satuan, serta penampil. Ini berbeda dari menyimpan read mentah atau hasil penyelarasan.

Format mana yang sebaiknya dipilih?

Pilih berdasarkan peran setiap berkas dalam alur kerja.

  • Menyamakan makna dan referensi
  • Memvalidasi salinan tampilan
  • Menguji lingkungan penerima

Menyamakan makna dan referensi

Catat versi rakitan genom, nama kromosom, dan aturan koordinat. Jangan mencampur interval BED berbasis nol dengan batas akhir eksklusif dengan aturan lain. Jelaskan satuan, normalisasi, serta perbedaan nilai hilang dan nol.

Memvalidasi salinan tampilan

Konversi anotasi BED ke bigBed atau sinyal bedGraph ke bigWig sesuai kebutuhan. Periksa urutan, panjang kromosom, dan definisi kolom tambahan. Bandingkan interval dan nilai perwakilan dengan sumber, termasuk pembulatan presisi tunggal bigWig dan ringkasan tampilan.

Menguji lingkungan penerima

Sertakan berkas, pengaturan konversi, checksum, dan pengaturan tampilan. Buka referensi serta interval yang sama di penampil penerima. Untuk Track Hub, validasi juga konfigurasi dan hosting.

Format yang disarankan

bigBed

Cocok untuk: Mendistribusikan trek anotasi berindeks

Kurang cocok untuk: Memperlakukan sinyal numerik kontinu sebagai item anotasi

bigWig

Cocok untuk: Mendistribusikan sinyal numerik per interval

Kurang cocok untuk: Mempertahankan hubungan hierarkis gen dan transkrip tanpa perubahan

Periksa sebelum mengekspor

  • Hub yang tidak terdaftar masih dapat diakses orang yang mengetahui URL-nya. Menyembunyikan URL bukan kontrol akses; gunakan lingkungan yang disetujui untuk data sensitif.
  • Simpan sumber. Tampilan atau checksum yang sama tidak membuktikan analisis benar; ringkasan tampilan bukan nilai interval asli.

Perbandingan terkait

BED atau bigBed: pengeditan teks dan distribusi berindeksBED adalah teks interval; bigBed adalah data BED biner berindeks.bedGraph atau bigWig: teks numerik dan distribusi berindeksbedGraph adalah teks interval-nilai; bigWig trek numerik berindeks.BED atau GFF3: ekstraksi interval dan struktur anotasiBED memilih interval; GFF3 membawa tipe, atribut dan hubungan anotasi.GTF atau GFF3: sintaks atribut dan pemetaan transkripKeduanya memiliki sembilan kolom, tetapi sintaks atribut dan model hubungan berbeda.

Panduan

Memilih berkas sekuensing menurut tahap kerjaRead mentah, inspeksi alignment, penyimpanan dan berbagi memerlukan informasi berbeda. Kelola referensi, indeks dan preservasi bersama format.

Referensi dan spesifikasi