Bandingkan
FASTA atau FASTQ: urutan dan retensi kualitas
FASTA sendiri menyimpan urutan; FASTQ menambahkan kualitas per basa.
Format mana yang sebaiknya dipilih?
Pakai FASTA untuk referensi atau hasil perakitan dan FASTQ untuk analisis read berbasis kualitas; simpan yang asli.
Cocok untuk FASTA
Menyimpan urutan referensi atau nukleotida hasil perakitan
- Menukar urutan tanpa memerlukan skor kualitas
Cocok untuk FASTQ
Meneruskan read sekuensing dan skor kualitas per basa antar-tahap analisis · Menyimpan read yang belum disejajarkan, termasuk paired-end, sebelum analisis lanjutan
- Menyimpan ID read, urutan, dan kualitas basa yang terkait secara bersamaan
- Mengirimkan data read ke arsip seperti NCBI SRA
Informasi dasar
| Item | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| Ekstensi | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| Tipe MIME | ||
| Penggunaan umum | Menyimpan urutan referensi atau nukleotida hasil perakitan | Meneruskan read sekuensing dan skor kualitas per basa antar-tahap analisis · Menyimpan read yang belum disejajarkan, termasuk paired-end, sebelum analisis lanjutan |
| Cara membuka | Gunakan pembaca urutan dan periksa pengenal ganda, simbol dan panjang. samtools faidx memerlukan panjang baris seragam dalam tiap urutan kecuali baris terakhir. Buat ulang .fai setelah mengubah urutan atau pemisah baris. | Gunakan alat sekuensing yang mendukung varian FASTQ tersebut. Periksa ID `@`, panjang urutan dan kualitas, baris `+`, skema seperti Phred+33 atau Phred+64, serta dokumentasi instrumen atau pipeline. Untuk paired-end, cocokkan urutan dan ID pada kedua berkas. Baca gzip dengan alat kompatibel atau ekstrak. |
| Ekspor atau konversi | Mengekspor urutan saja dari FASTQ membuang kualitas. FASTA tidak memulihkan skor asli. Jika QUAL asli tersedia, cocokkan pengenal dan panjang serta periksa sistem kualitas sebelum menggabungkan. | Untuk mengubah pengodean kualitas, tentukan sistem Phred atau Solexa dan offset ASCII asal, dekode skor numerik dengan benar, lalu enkode ulang. Mengekspor urutan saja ke FASTA menghilangkan kualitas. Membuat SAM/BAM yang telah disejajarkan memerlukan referensi dan proses analisis tersendiri, bukan sekadar mengganti ekstensi. |
Pilih menurut penggunaan
Menukar urutan tanpa memerlukan skor kualitas
Menyimpan urutan referensi atau nukleotida hasil perakitan
FASTAMenyimpan ID read, urutan, dan kualitas basa yang terkait secara bersamaan
Meneruskan read sekuensing dan skor kualitas per basa antar-tahap analisis · Menyimpan read yang belum disejajarkan, termasuk paired-end, sebelum analisis lanjutan
FASTQMengirimkan data read ke arsip seperti NCBI SRA
Meneruskan read sekuensing dan skor kualitas per basa antar-tahap analisis · Menyimpan read yang belum disejajarkan, termasuk paired-end, sebelum analisis lanjutan
FASTQPoin utama 1
FASTA memakai baris definisi > diikuti urutan.
Perbedaan lebih lanjutPoin utama 2
FASTQ memakai @, urutan, pemisah + dan string kualitas yang sesuai.
Perbedaan lebih lanjutPerbedaan lebih lanjut
Tentukan apakah urutan saja cukup atau perlu penyaringan kualitas. Periksa konvensi pembuat dan kebutuhan pembaca, bukan hanya ekstensi.
- Ekstraksi ke FASTA membuang kualitas asli. Menambahkan nilai tetap tanpa QUAL asli tidak memulihkan kualitas terukur.
- Saat menggabungkan QUAL asli, cocokkan pengenal, jumlah rekaman, panjang dan sistem kualitas. Buat ulang .fai referensi setelah urutan atau pemisah baris berubah.
Pertanyaan umum
Apakah konversi FASTA ke FASTQ memulihkan kualitas?
Tidak. Skor tidak dapat dipulihkan dari huruf urutan. Gabungkan hanya kualitas asli yang nyata dengan kecocokan terverifikasi; nilai pengganti bukan pengukuran.