Bandingkan
SAM vs BAM
SAM dan BAM mewakili informasi alignment yang sama. SAM berupa teks bertab; BAM berupa biner yang dikompresi dalam blok BGZF.
Format mana yang sebaiknya dipilih?
Pertimbangkan SAM untuk inspeksi dan debugging; BAM untuk penyimpanan dan kueri wilayah dengan alat analisis kompatibel.
Cocok untuk SAM
Bertukar data read sekuensing dan alignment ke referensi sebagai teks · Memeriksa header dan rekaman saat memindahkan hasil analisis antaralat
- Meninjau nama dan panjang referensi, FLAG, CIGAR, MAPQ, sekuens, kualitas, dan tag
- Debug dan pemeriksaan data berukuran kecil
Cocok untuk BAM
Menyimpan dan bertukar data alignment read besar dalam bentuk biner · Mengakses wilayah tertentu dari data terurut koordinat melalui indeks
- Menyimpan header, rekaman, dan tag kompatibel SAM secara ringkas
- Membaca per wilayah dengan BGZF dan indeks BAI/CSI
Informasi dasar
| Item | SAM | BAM |
|---|---|---|
| Ekstensi | .sam | .bam |
| Tipe MIME | text/plain | application/octet-stream |
| Penggunaan umum | Bertukar data read sekuensing dan alignment ke referensi sebagai teks · Memeriksa header dan rekaman saat memindahkan hasil analisis antaralat | Menyimpan dan bertukar data alignment read besar dalam bentuk biner · Mengakses wilayah tertentu dari data terurut koordinat melalui indeks |
| Cara membuka | Gunakan perangkat lunak yang mendukung SAM atau editor teks. Periksa header `@HD`, `@SQ`, `@RG`, `@PG`, sebelas kolom wajib, bit FLAG, koordinat referensi, CIGAR, MAPQ, SEQ/QUAL, dan tag. Hindari spreadsheet yang dapat mengubah tab atau urutan baris. | Gunakan perangkat lunak yang mendukung SAM/BAM. Periksa nama, panjang, dan ID referensi, urutan sortir, jumlah read, FLAG/CIGAR, kualitas, dan tag. Untuk kueri wilayah, gunakan indeks BAI/CSI yang dibuat bagi berkas dan kondisi urutannya. |
| Ekspor atau konversi | Saat mengubah SAM ke BAM, validasi header, flag, CIGAR, kualitas, tag, dan urutan. BAM yang diurutkan berdasarkan koordinat dapat diindeks sesuai persyaratan alat. Membuat SAM dari FASTQ memerlukan referensi dan proses alignment, bukan konversi format sederhana. | BAM ke SAM lebih mudah dibaca tetapi ukuran bisa bertambah besar. Saat SAM ke BAM, validasi field, tag, dan urutan. CRAM mungkin memerlukan referensi serta pengaturan preservasi kualitas; simpan referensi yang diperlukan. |
Pilih menurut penggunaan
Meninjau nama dan panjang referensi, FLAG, CIGAR, MAPQ, sekuens, kualitas, dan tag
Bertukar data read sekuensing dan alignment ke referensi sebagai teks · Memeriksa header dan rekaman saat memindahkan hasil analisis antaralat
SAMDebug dan pemeriksaan data berukuran kecil
Bertukar data read sekuensing dan alignment ke referensi sebagai teks · Memeriksa header dan rekaman saat memindahkan hasil analisis antaralat
SAMMenyimpan header, rekaman, dan tag kompatibel SAM secara ringkas
Menyimpan dan bertukar data alignment read besar dalam bentuk biner · Mengakses wilayah tertentu dari data terurut koordinat melalui indeks
BAMMembaca per wilayah dengan BGZF dan indeks BAI/CSI
Menyimpan dan bertukar data alignment read besar dalam bentuk biner · Mengakses wilayah tertentu dari data terurut koordinat melalui indeks
BAMPoin utama 1
SAM dapat diperiksa dengan alat teks.
Perbedaan lebih lanjutPoin utama 2
BAM memerlukan dekoder kompatibel.
Perbedaan lebih lanjutPerbedaan lebih lanjut
Konversi saja tidak mengurutkan atau mengindeks. Urutkan berdasarkan koordinat dan buat indeks BAI/CSI yang diperlukan penerima.
- FLAG, CIGAR, MAPQ dan tag opsional memiliki arti tertentu. Mengedit SAM seperti tabel biasa dapat merusak konsistensi dengan kamus referensi.
- BGZF dalam BAM bukan gzip biasa. Kueri wilayah memerlukan indeks sesuai dan data terurut koordinat.
Pertanyaan umum
Apakah BAM meningkatkan akurasi pemetaan?
Tidak. Perubahan representasi tidak melakukan alignment ulang. Bandingkan jumlah rekaman, referensi, tag dan kualitas, serta periksa filter konversi.