Confronta
BAM vs CRAM
BAM rappresenta allineamenti compressi in BGZF. CRAM usa differenze dalla sequenza di riferimento e altre codifiche; la conservazione dipende dalle impostazioni.
Quale formato scegliere?
Considera BAM per ampia compatibilità, CRAM per ridurre lo spazio quando puoi gestire riferimenti e conservazione.
Adatto per BAM
Archiviare e scambiare in binario grandi dati di allineamento · Interrogare regioni di dati ordinati per coordinate tramite indice
- Conservare in modo compatto intestazioni, record e tag compatibili con SAM
- Leggere per regione con BGZF e indice BAI/CSI
Adatto per CRAM
Archiviare e scambiare dati di allineamento con compressione basata sul riferimento · Scegliere una politica di conservazione per qualità e altri campi
- Flussi in grado di identificare e recuperare il riferimento esatto
- Archivi che documentano compressione e impostazioni di conservazione
Informazioni di base
| Voce | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| Estensione | .bam | .cram |
| Tipo MIME | application/octet-stream | |
| Usi comuni | Archiviare e scambiare in binario grandi dati di allineamento · Interrogare regioni di dati ordinati per coordinate tramite indice | Archiviare e scambiare dati di allineamento con compressione basata sul riferimento · Scegliere una politica di conservazione per qualità e altri campi |
| Come aprire | Usa software compatibile con SAM/BAM. Controlla nomi, lunghezze e ID dei riferimenti, ordine, numero di letture, FLAG/CIGAR, qualità e tag. Per query regionali usa un indice BAI/CSI creato per quel file e il suo ordinamento. | Usa software compatibile con CRAM. Controlla nomi, lunghezze, checksum o versioni dei riferimenti, lo strumento che ha creato il file e le impostazioni di conservazione documentate. Se necessario, recupera il riferimento esatto in locale o da un registro affidabile. Per query regionali usa un CRAI corrispondente al file. |
| Esportare o convertire | Da BAM a SAM si migliora la leggibilità ma la dimensione può aumentare. Nel passaggio da SAM a BAM verifica campi, tag e ordine. CRAM può dipendere dal riferimento e dalle impostazioni di conservazione della qualità: mantieni i riferimenti necessari. | Convertendo CRAM in BAM/SAM, risolvi correttamente i riferimenti e verifica se qualità, tag e nomi delle letture sono conservati. Mantieni il CRAM originale e confronta conteggi, statistiche e record rappresentativi. Da BAM/SAM a CRAM, scegli esplicitamente la versione del riferimento e se accetti la compressione con perdita delle qualità. |
Scegli in base all'uso
Conservare in modo compatto intestazioni, record e tag compatibili con SAM
Archiviare e scambiare in binario grandi dati di allineamento · Interrogare regioni di dati ordinati per coordinate tramite indice
BAMLeggere per regione con BGZF e indice BAI/CSI
Archiviare e scambiare in binario grandi dati di allineamento · Interrogare regioni di dati ordinati per coordinate tramite indice
BAMFlussi in grado di identificare e recuperare il riferimento esatto
Archiviare e scambiare dati di allineamento con compressione basata sul riferimento · Scegliere una politica di conservazione per qualità e altri campi
CRAMArchivi che documentano compressione e impostazioni di conservazione
Archiviare e scambiare dati di allineamento con compressione basata sul riferimento · Scegliere una politica di conservazione per qualità e altri campi
CRAMPunto chiave 1
Decodificare BAM normalmente non richiede basi di riferimento esterne.
Approfondisci le differenzePunto chiave 2
CRAM supporta codifica dipendente dal riferimento e riferimenti incorporati.
Approfondisci le differenzeApprofondisci le differenze
Definisci qualità e tag da conservare e prova conversioni di andata e ritorno e risultati reali. CRAM non è sempre più piccolo o veloce.
- CRAM dipendente dal riferimento richiede quello corretto. Distingui gestione esterna, incorporazione e modalità senza riferimento; il solo file può non bastare.
- CRAM consente strategie con e senza perdita. L’accesso regionale richiede ordinamento adatto e l’indice previsto, come CRAI.
Domande frequenti
CRAM conserva sempre ogni dettaglio?
No. Contano impostazioni e strumenti. Verifica qualità, tag, riferimenti e numero di record; conserva gli originali fino alla validazione.