Format Atlas

Guide

Scegliere i file di sequenziamento per fase

Letture grezze, ispezione, archiviazione e condivisione richiedono informazioni diverse. Gestisci riferimenti, indici e conservazione insieme al formato.

Quale formato scegliere?

Scegli in base al ruolo di ogni file nel flusso di lavoro.

  • Controllare letture e input
  • Validare allineamenti e indici
  • Consegnare un pacchetto riproducibile

Controllare letture e input

Verifica sequenze FASTQ, codifica delle qualità, corrispondenza paired-end e conteggi. Allineare richiede riferimento e parametri. Convertire una rappresentazione esistente non equivale a mappare nuovamente le letture.

Validare allineamenti e indici

Ispeziona intestazioni e tag in SAM, poi salva BAM o CRAM con strumenti compatibili. Prepara ordinamento per coordinate e indice BAI/CSI/CRAI richiesto. Registra recupero o incorporazione del riferimento CRAM e conservazione di qualità/tag; confronta prima e dopo.

Consegnare un pacchetto riproducibile

Includi dati, indici, identificatori del riferimento, versioni, parametri, politica di conservazione e checksum. Prova il lettore destinatario e concorda accesso e durata. I repository hanno requisiti propri per formati e metadati.

Formati da considerare

FASTQ

Adatto per: Consegnare letture grezze e qualità per base

Meno adatto per: Salvare allineamenti con CIGAR e coordinate del riferimento

BAM

Adatto per: Elaborare allineamenti con strumenti compatibili

Meno adatto per: Leggere contenuti solo con un editor di testo

CRAM

Adatto per: Ridurre lo spazio gestendo riferimenti e conservazione

Meno adatto per: Condividere senza verificare riferimenti o qualità conservate

Cosa controllare prima dell’esportazione

  • Eliminare i nomi non anonimizza necessariamente le sequenze umane. Verifica autorizzazione e controlli d’accesso prima della condivisione.
  • Conserva gli originali fino alla validazione. I checksum verificano il trasferimento, non la correttezza dell’analisi.

Confronti correlati

FASTA o FASTQ: sequenze e conservazione della qualitàFASTA da solo conserva sequenze; FASTQ aggiunge qualità per base.SAM vs BAMSAM e BAM rappresentano le stesse informazioni di allineamento. SAM è testo separato da tabulazioni; BAM è binario compresso in blocchi BGZF.BAM vs CRAMBAM rappresenta allineamenti compressi in BGZF. CRAM usa differenze dalla sequenza di riferimento e altre codifiche; la conservazione dipende dalle impostazioni.

Guide

Consegnare annotazioni genomiche e tracce di segnaleDistingui annotazioni e segnali numerici e concorda riferimento, coordinate, unità e visualizzatore. È un processo diverso dalla conservazione di letture o allineamenti.

Riferimenti e specifiche