Confronta
FASTA o FASTQ: sequenze e conservazione della qualità
FASTA da solo conserva sequenze; FASTQ aggiunge qualità per base.
Quale formato scegliere?
Usare FASTA per riferimenti o assemblaggi e FASTQ per analisi delle letture con qualità; tenere gli originali.
Adatto per FASTA
Conservare sequenze di riferimento o nucleotidiche assemblate
- Scambiare sequenze senza richiedere punteggi di qualità
Adatto per FASTQ
Trasferire letture di sequenziamento e qualità per base tra fasi di analisi · Memorizzare letture non allineate, comprese quelle paired-end, prima dell’analisi successiva
- Conservare insieme identificatori, sequenze e qualità delle basi corrispondenti
- Inviare letture ad archivi come NCBI SRA
Informazioni di base
| Voce | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| Estensione | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| Tipo MIME | ||
| Usi comuni | Conservare sequenze di riferimento o nucleotidiche assemblate | Trasferire letture di sequenziamento e qualità per base tra fasi di analisi · Memorizzare letture non allineate, comprese quelle paired-end, prima dell’analisi successiva |
| Come aprire | Usare un lettore di sequenze e verificare identificatori duplicati, simboli e lunghezze. samtools faidx richiede righe di pari lunghezza per sequenza, tranne l’ultima. Ricreare .fai dopo modifiche a sequenza o terminatori di riga. | Apri con uno strumento di sequenziamento compatibile con la variante FASTQ. Controlla ID `@`, lunghezze di sequenza e qualità, riga `+`, schema Phred+33/Phred+64 e documentazione dello strumento o della pipeline. Per paired-end verifica ordine e ID in entrambi i file. Leggi gzip con uno strumento compatibile o decomprimi. |
| Esportare o convertire | Esportare solo la sequenza da FASTQ elimina la qualità. FASTA non ricostruisce i valori originali. Se esistono dati QUAL reali, associare identificatori e lunghezze e verificare il sistema di qualità prima di unire. | Per cambiare codifica, identifica il sistema Phred o Solexa e l’offset ASCII originale, decodifica correttamente i punteggi numerici e ricodificali. Esportare solo le sequenze in FASTA elimina le qualità. Produrre SAM/BAM allineato richiede un riferimento e una fase di analisi separata; non basta cambiare estensione. |
Scegli in base all'uso
Scambiare sequenze senza richiedere punteggi di qualità
Conservare sequenze di riferimento o nucleotidiche assemblate
FASTAConservare insieme identificatori, sequenze e qualità delle basi corrispondenti
Trasferire letture di sequenziamento e qualità per base tra fasi di analisi · Memorizzare letture non allineate, comprese quelle paired-end, prima dell’analisi successiva
FASTQInviare letture ad archivi come NCBI SRA
Trasferire letture di sequenziamento e qualità per base tra fasi di analisi · Memorizzare letture non allineate, comprese quelle paired-end, prima dell’analisi successiva
FASTQPunto chiave 1
FASTA usa una riga di definizione > seguita dalla sequenza.
Approfondisci le differenzePunto chiave 2
FASTQ usa @, sequenza, separatore + e una stringa di qualità corrispondente.
Approfondisci le differenzeApprofondisci le differenze
Stabilire se basta la sequenza o serve filtrare per qualità. Verificare convenzioni del produttore e requisiti del lettore, non solo estensioni.
- L’estrazione verso FASTA elimina la qualità originale. Aggiungere valori costanti senza QUAL reale non recupera qualità misurata.
- Unendo QUAL reale, verificare identificatori, numero di record, lunghezze e sistema di qualità. Ricreare .fai dopo modifiche a sequenza o terminatori di riga.
Domande frequenti
Convertire FASTA in FASTQ ripristina la qualità?
No. I punteggi non si ricostruiscono dalle lettere della sequenza. Unire solo qualità originali reali con corrispondenza verificata; valori fittizi non sono misure.