Confronta
SAM vs BAM
SAM e BAM rappresentano le stesse informazioni di allineamento. SAM è testo separato da tabulazioni; BAM è binario compresso in blocchi BGZF.
Quale formato scegliere?
Considera SAM per ispezione e debug, BAM per archiviazione e interrogazioni regionali con strumenti compatibili.
Adatto per SAM
Scambiare in testo le letture di sequenziamento e i relativi allineamenti ai riferimenti · Ispezionare intestazioni e record nel trasferimento dei risultati tra strumenti
- Controllare nomi e lunghezze dei riferimenti, FLAG, CIGAR, MAPQ, sequenze, qualità e tag
- Debug e verifiche su piccoli insiemi di dati
Adatto per BAM
Archiviare e scambiare in binario grandi dati di allineamento · Interrogare regioni di dati ordinati per coordinate tramite indice
- Conservare in modo compatto intestazioni, record e tag compatibili con SAM
- Leggere per regione con BGZF e indice BAI/CSI
Informazioni di base
| Voce | SAM | BAM |
|---|---|---|
| Estensione | .sam | .bam |
| Tipo MIME | text/plain | application/octet-stream |
| Usi comuni | Scambiare in testo le letture di sequenziamento e i relativi allineamenti ai riferimenti · Ispezionare intestazioni e record nel trasferimento dei risultati tra strumenti | Archiviare e scambiare in binario grandi dati di allineamento · Interrogare regioni di dati ordinati per coordinate tramite indice |
| Come aprire | Usa software compatibile con SAM o un editor di testo. Controlla intestazioni `@HD`, `@SQ`, `@RG`, `@PG`, le undici colonne obbligatorie, i bit FLAG, coordinate, CIGAR, MAPQ, SEQ/QUAL e tag. Evita fogli di calcolo che riordinano righe o modificano tabulazioni. | Usa software compatibile con SAM/BAM. Controlla nomi, lunghezze e ID dei riferimenti, ordine, numero di letture, FLAG/CIGAR, qualità e tag. Per query regionali usa un indice BAI/CSI creato per quel file e il suo ordinamento. |
| Esportare o convertire | Convertendo SAM in BAM, verifica intestazioni, flag, CIGAR, qualità, tag e ordinamento. Un BAM ordinato per coordinate può essere indicizzato secondo i requisiti dello strumento. Creare SAM da FASTQ richiede un riferimento e un processo di allineamento, non una semplice conversione. | Da BAM a SAM si migliora la leggibilità ma la dimensione può aumentare. Nel passaggio da SAM a BAM verifica campi, tag e ordine. CRAM può dipendere dal riferimento e dalle impostazioni di conservazione della qualità: mantieni i riferimenti necessari. |
Scegli in base all'uso
Controllare nomi e lunghezze dei riferimenti, FLAG, CIGAR, MAPQ, sequenze, qualità e tag
Scambiare in testo le letture di sequenziamento e i relativi allineamenti ai riferimenti · Ispezionare intestazioni e record nel trasferimento dei risultati tra strumenti
SAMDebug e verifiche su piccoli insiemi di dati
Scambiare in testo le letture di sequenziamento e i relativi allineamenti ai riferimenti · Ispezionare intestazioni e record nel trasferimento dei risultati tra strumenti
SAMConservare in modo compatto intestazioni, record e tag compatibili con SAM
Archiviare e scambiare in binario grandi dati di allineamento · Interrogare regioni di dati ordinati per coordinate tramite indice
BAMLeggere per regione con BGZF e indice BAI/CSI
Archiviare e scambiare in binario grandi dati di allineamento · Interrogare regioni di dati ordinati per coordinate tramite indice
BAMPunto chiave 1
SAM si può ispezionare con strumenti di testo.
Approfondisci le differenzePunto chiave 2
BAM richiede un decodificatore compatibile.
Approfondisci le differenzeApprofondisci le differenze
La sola conversione non ordina né indicizza. Ordina per coordinate e crea l’indice BAI/CSI richiesto dal destinatario.
- FLAG, CIGAR, MAPQ e i tag hanno significati definiti. Modificare SAM come una tabella comune può compromettere la coerenza con i dizionari di riferimento.
- Il BGZF di BAM non va trattato come gzip ordinario. Le interrogazioni regionali richiedono indice appropriato e dati ordinati per coordinate.
Domande frequenti
BAM migliora l’accuratezza dell’allineamento?
No. Cambiare rappresentazione non riallinea le letture. Confronta numero di record, riferimenti, tag e qualità, e controlla i filtri di conversione.