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BAM vs CRAM
BAM representa alinhamentos comprimidos com BGZF. CRAM usa diferenças em relação à referência e outras codificações; a preservação depende das configurações.
Qual formato você deve escolher?
Considere BAM para ampla compatibilidade; CRAM para reduzir armazenamento quando puder gerenciar referências e preservação.
Indicado para BAM
Armazenar e trocar grandes conjuntos de alinhamentos em binário · Consultar regiões de dados ordenados por coordenadas com índice
- Compactar cabeçalhos, registros e tags compatíveis com SAM
- Usar BGZF e índices BAI/CSI com ferramentas compatíveis
Indicado para CRAM
Armazenar e trocar alinhamentos com compressão baseada em referência · Escolher uma política de preservação para qualidades e outros campos
- Fluxos que identificam e recuperam a referência exata
- Arquivos que documentam a compressão e as configurações de preservação
Informações básicas
| Campo | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| Extensão | .bam | .cram |
| Tipo MIME | application/octet-stream | |
| Usos comuns | Armazenar e trocar grandes conjuntos de alinhamentos em binário · Consultar regiões de dados ordenados por coordenadas com índice | Armazenar e trocar alinhamentos com compressão baseada em referência · Escolher uma política de preservação para qualidades e outros campos |
| Como abrir | Abra com software compatível com SAM/BAM. Confira nomes, comprimentos e IDs das referências, ordenação, número de leituras, FLAG/CIGAR, qualidades e tags. Para consulta regional, use índice BAI/CSI criado para aquele BAM e sua ordenação. | Use software compatível com CRAM. Verifique nomes, comprimentos, checksums ou versões das referências, a ferramenta que criou o arquivo e as configurações de preservação documentadas. Se necessário, obtenha a referência correspondente localmente ou em um registro confiável. Para consultas regionais, use um CRAI correspondente ao arquivo. |
| Exportar ou converter | Converter BAM para SAM torna registros legíveis, mas pode aumentar bastante o tamanho. Ao converter SAM de volta, valide campos, tags e ordem. CRAM pode depender de sequências de referência e opções de preservação da qualidade; guarde as referências necessárias. | Ao converter CRAM para BAM ou SAM, resolva corretamente as referências e confirme se qualidades, tags e nomes das leituras foram preservados. Mantenha o CRAM original e compare contagens, estatísticas e registros representativos. De BAM/SAM para CRAM, escolha explicitamente a versão da referência e se aceita compressão de qualidade com perdas. |
Escolha por finalidade
Compactar cabeçalhos, registros e tags compatíveis com SAM
Armazenar e trocar grandes conjuntos de alinhamentos em binário · Consultar regiões de dados ordenados por coordenadas com índice
BAMUsar BGZF e índices BAI/CSI com ferramentas compatíveis
Armazenar e trocar grandes conjuntos de alinhamentos em binário · Consultar regiões de dados ordenados por coordenadas com índice
BAMFluxos que identificam e recuperam a referência exata
Armazenar e trocar alinhamentos com compressão baseada em referência · Escolher uma política de preservação para qualidades e outros campos
CRAMArquivos que documentam a compressão e as configurações de preservação
Armazenar e trocar alinhamentos com compressão baseada em referência · Escolher uma política de preservação para qualidades e outros campos
CRAMPonto principal 1
Decodificar BAM normalmente não exige bases de referência externas.
Mais sobre as diferençasPonto principal 2
CRAM admite codificação dependente de referência e referências embutidas.
Mais sobre as diferençasMais sobre as diferenças
Defina quais qualidades e tags preservar e teste conversões de ida e volta e resultados reais. CRAM nem sempre é menor ou mais rápido.
- CRAM dependente de referência precisa da referência correta. Distinga referências externas, embutidas e modos sem referência; entregar só o arquivo pode não bastar.
- CRAM permite estratégias com e sem perdas. Acesso regional exige ordenação adequada e o índice esperado, como CRAI.
Perguntas frequentes
CRAM sempre preserva todos os detalhes?
Não. Depende das configurações e ferramentas. Verifique qualidade, tags, referências e contagens; mantenha os originais até validar.