Format Atlas

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Escolher arquivos de sequenciamento por etapa

Leituras originais, inspeção, armazenamento e entrega exigem informações diferentes. Gerencie referências, índices e preservação junto com o formato.

Qual formato você deve escolher?

Escolha conforme a função de cada arquivo no fluxo de trabalho.

  • Verificar leituras e entradas
  • Validar alinhamentos e índices
  • Entregar um conjunto reproduzível

Verificar leituras e entradas

Confira sequências FASTQ, codificação de qualidade, correspondência paired-end e contagens. Alinhar exige referência e configurações. Converter uma representação existente não equivale a mapear leituras para uma referência.

Validar alinhamentos e índices

Inspecione cabeçalhos e tags em SAM e salve BAM ou CRAM com ferramentas compatíveis. Prepare ordenação por coordenadas e BAI/CSI/CRAI para consultas regionais. Registre referência externa ou embutida e preservação de qualidade e tags no CRAM; compare antes e depois.

Entregar um conjunto reproduzível

Inclua dados, índices, identificadores de referência, versões, configurações, política de preservação e checksums. Teste o leitor do destinatário e combine acesso e retenção. Repositórios têm requisitos próprios de formato e metadados.

Formatos a considerar

FASTQ

Indicado para: Entregar leituras originais e qualidades por base

Menos indicado para: Guardar alinhamentos com CIGAR e coordenadas de referência

BAM

Indicado para: Processar alinhamentos com ferramentas compatíveis

Menos indicado para: Ler conteúdo apenas com editor de texto

CRAM

Indicado para: Reduzir armazenamento gerenciando referência e preservação

Menos indicado para: Compartilhar sem confirmar referências ou retenção de qualidade

Antes de exportar

  • Remover nomes não necessariamente anonimiza sequências humanas. Confirme autorização e controles de acesso antes de compartilhar.
  • Mantenha originais até validar. Checksums verificam a integridade da transferência, não a correção da análise.

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FASTA ou FASTQ: sequências e preservação da qualidadeFASTA sozinho guarda sequências; FASTQ inclui qualidade por base.SAM vs BAMSAM e BAM representam as mesmas informações de alinhamento. SAM é texto separado por tabulações; BAM é binário comprimido em blocos BGZF.BAM vs CRAMBAM representa alinhamentos comprimidos com BGZF. CRAM usa diferenças em relação à referência e outras codificações; a preservação depende das configurações.

Guias

Como entregar anotações genômicas e trilhas de sinalSepare anotações de sinais numéricos e combine referência, coordenadas, unidades e visualizador. Esse processo é diferente da preservação de leituras ou alinhamentos.

Referências e especificações