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FASTA ou FASTQ: sequências e preservação da qualidade
FASTA sozinho guarda sequências; FASTQ inclui qualidade por base.
Qual formato você deve escolher?
Use FASTA para referências ou sequências montadas e FASTQ para analisar reads com qualidade; preserve os originais.
Indicado para FASTA
Guardar sequências de referência ou montadas
- Trocar sequências sem precisar de valores de qualidade
Indicado para FASTQ
Transferir leituras de sequenciamento e qualidade por base entre etapas de análise · Armazenar leituras não alinhadas, inclusive paired-end, antes da análise seguinte
- Manter identificadores, sequências e qualidades de cada base juntos
- Enviar leituras a arquivos como o NCBI SRA
Informações básicas
| Campo | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| Extensão | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| Tipo MIME | ||
| Usos comuns | Guardar sequências de referência ou montadas | Transferir leituras de sequenciamento e qualidade por base entre etapas de análise · Armazenar leituras não alinhadas, inclusive paired-end, antes da análise seguinte |
| Como abrir | Use um leitor de sequências e verifique identificadores duplicados, símbolos e comprimentos. samtools faidx exige linhas de mesmo comprimento em cada sequência, exceto a última. Recrie .fai após alterar sequência ou quebras de linha. | Abra com ferramenta de sequenciamento compatível com a variante FASTQ. Confira identificador `@`, comprimentos da sequência e qualidade, linha `+`, esquema como Phred+33 ou Phred+64 e documentação do instrumento ou pipeline. Em paired-end, verifique a ordem e os identificadores dos dois arquivos. Leia gzip com ferramenta compatível ou descompacte. |
| Exportar ou converter | Exportar apenas a sequência do FASTQ descarta a qualidade. FASTA não recupera os valores originais. Se houver QUAL real, associe identificadores e comprimentos e confirme o sistema de qualidade antes de combinar. | Para mudar a codificação, identifique o sistema Phred ou Solexa e o deslocamento ASCII original, decodifique os escores numéricos e só então recodifique. Exportar apenas sequências para FASTA descarta as qualidades. Produzir SAM/BAM alinhado requer referência e outra etapa de análise; não é simples mudança de extensão. |
Escolha por finalidade
Trocar sequências sem precisar de valores de qualidade
Guardar sequências de referência ou montadas
FASTAManter identificadores, sequências e qualidades de cada base juntos
Transferir leituras de sequenciamento e qualidade por base entre etapas de análise · Armazenar leituras não alinhadas, inclusive paired-end, antes da análise seguinte
FASTQEnviar leituras a arquivos como o NCBI SRA
Transferir leituras de sequenciamento e qualidade por base entre etapas de análise · Armazenar leituras não alinhadas, inclusive paired-end, antes da análise seguinte
FASTQPonto principal 1
FASTA usa uma linha de definição > seguida da sequência.
Mais sobre as diferençasPonto principal 2
FASTQ usa @, sequência, separador + e uma string de qualidade correspondente.
Mais sobre as diferençasMais sobre as diferenças
Decida se apenas a sequência basta ou se é necessário filtrar pela qualidade. Confira convenções da origem e requisitos do leitor, não só extensões.
- Extrair para FASTA descarta a qualidade original. Acrescentar valores constantes sem QUAL real não recupera qualidade medida.
- Ao combinar QUAL real, confira identificadores, número de registros, comprimentos e sistema de qualidade. Recrie .fai após mudanças de sequência ou quebras de linha.
Perguntas frequentes
Converter FASTA para FASTQ recupera a qualidade?
Não. Valores não são reconstruídos pelas letras da sequência. Combine apenas qualidade original real com correspondência verificada; não trate valores fictícios como medições.