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SAM vs BAM
SAM e BAM representam as mesmas informações de alinhamento. SAM é texto separado por tabulações; BAM é binário comprimido em blocos BGZF.
Qual formato você deve escolher?
Considere SAM para inspeção e depuração; BAM para armazenamento e consultas por região em ferramentas compatíveis.
Indicado para SAM
Trocar leituras de sequenciamento e alinhamento a referências em texto · Inspecionar cabeçalhos e registros entre ferramentas de análise
- Revisar referência, FLAG, CIGAR, MAPQ, sequência, qualidade e tags
- Depurar e conferir conjuntos pequenos de forma legível
Indicado para BAM
Armazenar e trocar grandes conjuntos de alinhamentos em binário · Consultar regiões de dados ordenados por coordenadas com índice
- Compactar cabeçalhos, registros e tags compatíveis com SAM
- Usar BGZF e índices BAI/CSI com ferramentas compatíveis
Informações básicas
| Campo | SAM | BAM |
|---|---|---|
| Extensão | .sam | .bam |
| Tipo MIME | text/plain | application/octet-stream |
| Usos comuns | Trocar leituras de sequenciamento e alinhamento a referências em texto · Inspecionar cabeçalhos e registros entre ferramentas de análise | Armazenar e trocar grandes conjuntos de alinhamentos em binário · Consultar regiões de dados ordenados por coordenadas com índice |
| Como abrir | Use software compatível com SAM ou editor de texto. Confira cabeçalhos `@HD`, `@SQ`, `@RG`, `@PG`, as onze colunas obrigatórias, bits FLAG, coordenadas, CIGAR, MAPQ, SEQ/QUAL e tags. Evite planilhas que reordenem linhas ou alterem tabulações. | Abra com software compatível com SAM/BAM. Confira nomes, comprimentos e IDs das referências, ordenação, número de leituras, FLAG/CIGAR, qualidades e tags. Para consulta regional, use índice BAI/CSI criado para aquele BAM e sua ordenação. |
| Exportar ou converter | Na conversão para BAM, confira cabeçalhos, flags, CIGAR, qualidades, tags e ordem. BAM ordenado por coordenadas pode ser indexado conforme os requisitos da ferramenta. Gerar SAM de FASTQ exige referência e alinhamento, não é conversão simples. | Converter BAM para SAM torna registros legíveis, mas pode aumentar bastante o tamanho. Ao converter SAM de volta, valide campos, tags e ordem. CRAM pode depender de sequências de referência e opções de preservação da qualidade; guarde as referências necessárias. |
Escolha por finalidade
Revisar referência, FLAG, CIGAR, MAPQ, sequência, qualidade e tags
Trocar leituras de sequenciamento e alinhamento a referências em texto · Inspecionar cabeçalhos e registros entre ferramentas de análise
SAMDepurar e conferir conjuntos pequenos de forma legível
Trocar leituras de sequenciamento e alinhamento a referências em texto · Inspecionar cabeçalhos e registros entre ferramentas de análise
SAMCompactar cabeçalhos, registros e tags compatíveis com SAM
Armazenar e trocar grandes conjuntos de alinhamentos em binário · Consultar regiões de dados ordenados por coordenadas com índice
BAMUsar BGZF e índices BAI/CSI com ferramentas compatíveis
Armazenar e trocar grandes conjuntos de alinhamentos em binário · Consultar regiões de dados ordenados por coordenadas com índice
BAMPonto principal 1
SAM pode ser inspecionado com ferramentas de texto.
Mais sobre as diferençasPonto principal 2
BAM exige um decodificador compatível.
Mais sobre as diferençasMais sobre as diferenças
Converter não ordena nem indexa automaticamente. Ordene por coordenadas e crie o índice BAI/CSI exigido pelo destinatário.
- FLAG, CIGAR, MAPQ e tags têm significados definidos. Editar SAM como uma tabela comum pode quebrar a consistência com o dicionário de referências.
- BGZF em BAM não deve ser tratado como gzip comum. Consultas regionais precisam de índice adequado e dados ordenados por coordenadas.
Perguntas frequentes
BAM melhora a precisão do alinhamento?
Não. Alterar a representação não realinha as leituras. Compare contagens, referências, tags e valores de qualidade, e verifique os filtros de conversão.