Dados
bedGraph: valores por intervalo genômico
bedGraph tem cromossomo, início, fim e valor numérico. Coordenadas partem de zero e excluem o fim. Aceita inteiros ou reais positivos e negativos.
.bedGraphTexto de valores por intervalo
Quando escolher este formato
- Examinar valores em intervalos de comprimento variável
Quando evitar este formato
- Preservar hierarquias de genes e transcritos
Usos comuns
- Compartilhar trilhas de sinais genômicos
Características
- Valores em intervalos de comprimentos diferentes
Vantagens e desvantagens
Vantagens
- Examinar regiões e valores como texto
Desvantagens
- Visualização remota grande pode exigir transferências integrais
Abrir e converter
Como abrir
Confira referência, nomes, coordenadas e valores em um leitor compatível. Separe track/browser de trilhas personalizadas das linhas de análise; confirme cabeçalhos.
Como converter
Para bigWig, ordene uma trilha com intervalos sem sobreposição por cromossomo e chrom.sizes correspondente. Retire cabeçalhos visuais e confira posições, valores e cobertura.
Cuidados
- Não preencha sempre com zero regiões não registradas. Registre unidades, normalização e origem; avalie arredondamento de precisão simples em bigWig. Preserve originais e controle o compartilhamento.
Perguntas frequentes
É BED4 por ter quatro colunas?
Não. A quarta coluna BED4 é um nome; bedGraph usa valor. Verifique significado e regras, não só colunas.