Guias
Como entregar anotações genômicas e trilhas de sinal
Separe anotações de sinais numéricos e combine referência, coordenadas, unidades e visualizador. Esse processo é diferente da preservação de leituras ou alinhamentos.
Qual formato você deve escolher?
Escolha conforme a função de cada arquivo no fluxo de trabalho.
- Definir significado e referência
- Validar as cópias para visualização
- Testar o ambiente de quem recebe
Definir significado e referência
Registre a versão da montagem, os nomes dos cromossomos e a convenção de coordenadas. Não confunda intervalos BED com início em zero e fim exclusivo com outras convenções. Documente unidades, normalização e a diferença entre ausência e zero.
Validar as cópias para visualização
Converta anotações BED em bigBed ou sinais bedGraph em bigWig conforme necessário. Confira ordenação, comprimentos dos cromossomos e colunas extras. Compare intervalos e valores representativos com a origem, incluindo arredondamento de precisão simples do bigWig e resumos visuais.
Testar o ambiente de quem recebe
Entregue arquivos, parâmetros de conversão, checksums e configurações de exibição. Abra a mesma referência e os mesmos intervalos no visualizador de destino. Para Track Hub, valide também configuração e hospedagem.
Formatos a considerar
Antes de exportar
- Um hub não listado pode ser acessado por quem conhece a URL. Ocultá-la não é controle de acesso; use um ambiente aprovado para dados sensíveis.
- Mantenha os originais. Exibição ou checksums iguais não comprovam a correção da análise; resumos visuais não equivalem aos valores originais.