对比
bedGraph与bigWig：数值文本和索引分发
bedGraph是区间数值文本，bigWig是索引式数值轨道。
应该选择哪种格式？
检查和处理数值可考虑bedGraph，大型远程区间访问可考虑bigWig。
适用于 bedGraph
交换基因组信号轨道
- 检查和处理可变长度区间的值
适用于 bigWig
分发大型基因组信号数据
- 按区间读取数值
基本信息
| 项目 | bedGraph | bigWig |
|---|---|---|
| 扩展名 | .bedGraph | .bw, .bigWig |
| MIME 类型 | ||
| 常见用途 | 交换基因组信号轨道 | 分发大型基因组信号数据 |
| 打开方式 | 用兼容工具检查参考版本、名称、坐标和数值。区分自定义轨道的track/browser行和分析数据行，确认读取工具支持的头部。 | 用bigWig工具核对参考名、覆盖范围和数值。区分摘要与底层区间值，并在实际托管环境测试远程访问和部分读取。 |
| 导出或转换 | 生成bigWig时对单个轨道排序，各染色体内区间不重叠，并使用匹配的chrom.sizes。删除显示头，转换后核对位置、数值和覆盖范围。 | bedGraphToBigWig需要排序、非重叠区间及匹配的chrom.sizes。移除显示头，核对坐标、已记录区间和数值；修改后从原本重新生成。 |
按用途选择
检查和处理可变长度区间的值
交换基因组信号轨道
bedGraph按区间读取数值
分发大型基因组信号数据
bigWig关键点 1
bedGraph有染色体、起点、终点和数值四列。
进一步了解差异关键点 2
bigWig读取工具可获取区间数据或摘要。
进一步了解差异进一步了解差异
约定参考版本、单位、归一化、缺失值含义与精度。除了大小和速度，也检查读取API和托管环境。
- bedGraphToBigWig需对单个轨道排序、解决区间重叠、匹配chrom.sizes并移除显示头。来自bedGraph的区间不需要起点加减1。
- bigWig单精度可能导致舍入，须确定容许误差。区分未记录与0、摘要平均值与底层数值，并验证导出。
常见问题
转换后可以丢弃原文本吗？
不能保证十进表示或显示设置完全恢复。应保存原本、参考信息和生成设置。