Format Atlas

指南

基因组注释与数值轨道的交接流程

区分注释与数值信号,并统一参考基因组、坐标、单位和查看环境。这不同于保存原始读段或比对结果。

应该选择哪种格式?

根据文件在工作流程中的用途选择格式。

  • 统一含义与参考
  • 验证显示用副本
  • 在接收方环境中测试

统一含义与参考

记录组装版本、染色体名称和坐标规则。不要把BED从0开始、右端点不包含的区间与其他规则混用。说明信号单位、归一化方法,以及缺失值与0的区别。

验证显示用副本

按用途将BED注释转换为bigBed,或将bedGraph信号转换为bigWig。检查排序、染色体长度及附加列定义。将代表性区间和值与原始数据对照,并检查bigWig单精度舍入和显示汇总。

在接收方环境中测试

提供文件、转换参数、校验和及显示设置。在接收方查看器中打开相同参考和区间。使用Track Hub时,还要验证配置文件和托管环境。

候选格式

bigBed

适用于: 分发带索引的注释轨道

不太适用于: 把连续数值信号当作注释条目

bigWig

适用于: 分发区间数值信号

不太适用于: 原样保存基因与转录本的层级关系

导出前注意事项

  • 未列出的Hub仍可能被知道URL的人访问。隐藏URL不是访问控制;敏感数据应使用经批准的环境。
  • 保留原始数据。显示或校验和一致不能证明分析正确;显示汇总也不等于原始区间值。

相关比较

指南

参考资料与规范