指南
基因组注释与数值轨道的交接流程
区分注释与数值信号,并统一参考基因组、坐标、单位和查看环境。这不同于保存原始读段或比对结果。
应该选择哪种格式?
根据文件在工作流程中的用途选择格式。
- 统一含义与参考
- 验证显示用副本
- 在接收方环境中测试
统一含义与参考
记录组装版本、染色体名称和坐标规则。不要把BED从0开始、右端点不包含的区间与其他规则混用。说明信号单位、归一化方法,以及缺失值与0的区别。
验证显示用副本
按用途将BED注释转换为bigBed,或将bedGraph信号转换为bigWig。检查排序、染色体长度及附加列定义。将代表性区间和值与原始数据对照,并检查bigWig单精度舍入和显示汇总。
在接收方环境中测试
提供文件、转换参数、校验和及显示设置。在接收方查看器中打开相同参考和区间。使用Track Hub时,还要验证配置文件和托管环境。
候选格式
导出前注意事项
- 未列出的Hub仍可能被知道URL的人访问。隐藏URL不是访问控制;敏感数据应使用经批准的环境。
- 保留原始数据。显示或校验和一致不能证明分析正确;显示汇总也不等于原始区间值。