数据
GTF：基因与转录本注释文本
GTF以制表符分隔的9列记录基因注释。坐标从1计数且包含两端，属性含gene_id和transcript_id。所需行与属性因提供方和读取工具而异。
.gtf转录本注释文本
适合选择此格式的场景
- 为要求GTF的表达分析工具提供注释
不宜选择此格式的场景
- 保存序列或读段质量本身
常见用途
- 交换基因、转录本与外显子位置
特点
- 属性使用gene_id "值";等语法
优点和缺点
优点
- 向分析工具提供基因与转录本对应关系
缺点
- 不能直接替换GFF3的ID=值和Parent
打开和转换
如何打开
用GTF工具检查参考版本、序列名、分隔符和属性。按转录本ID核对外显子与CDS，依照读取工具检查特征类型和第8列值。
如何转换
将gene_id/transcript_id映射为适当的GFF3 ID/Parent关系。仅改属性名不够。验证行对应、坐标、链、CDS和属性保留，并保存原本。
注意事项
- Ensembl示例中的gene行可没有transcript_id。不要断言所有提供方和行类型都需要相同属性。记录注释版本、参考版本、来源与共享范围。
常见问题
同一参考基因组的注释都一样吗？
不是。不同发布版和提供方的ID、特征与转录本可能不同。保存实际使用的注释、版本和校验和。