对比
GTF与GFF3：属性语法和转录本映射
两者均有9列注释，但属性语法和关系模型不同。
应该选择哪种格式？
分析要求GTF时使用兼容GTF；层级注释交换可考虑接收方支持的GFF3。
适用于 GTF
交换基因、转录本与外显子位置
- 为要求GTF的表达分析工具提供注释
适用于 GFF3
注释基因、转录本与外显子
- 交换特征类型、属性与关系
基本信息
| 项目 | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| 扩展名 | .gtf | .gff3, .gff |
| MIME 类型 | ||
| 常见用途 | 交换基因、转录本与外显子位置 | 注释基因、转录本与外显子 |
| 打开方式 | 用GTF工具检查参考版本、序列名、分隔符和属性。按转录本ID核对外显子与CDS，依照读取工具检查特征类型和第8列值。 | 用GFF3工具检查版本声明、参考名称、9列与属性转义。检查ID/Parent引用；重复ID可能表示同一不连续特征，不应直接认定为误重复。 |
| 导出或转换 | 将gene_id/transcript_id映射为适当的GFF3 ID/Parent关系。仅改属性名不够。验证行对应、坐标、链、CDS和属性保留，并保存原本。 | 普通区间提取为BED时起点减1，终点不变。明确特征选择与合并方法；属性、层级或CDS phase丢失时保留原本。 |
按用途选择
为要求GTF的表达分析工具提供注释
交换基因、转录本与外显子位置
GTF交换特征类型、属性与关系
注释基因、转录本与外显子
GFF3关键点 1
GTF使用gene_id "值";等属性。
进一步了解差异关键点 2
GFF3使用ID=值;Parent=值等属性。
进一步了解差异进一步了解差异
约定特征类型、转录本ID、属性与读取规则，而非只看扩展名或列数。
- 普通坐标均从1计数且包含两端，无需像BED转换那样调整起点。依提供方规则检查参考版本、链、CDS第8列与终止密码子处理。
- 显式映射GTF标识与GFF3层级、多亲关系和不连续特征。记录不支持的特征或属性，检查数量变化并保留原本。
常见问题
只改属性名就能互相转换吗？
不能。语法、关系模型和提供方规则不同。转换后按转录本核对特征与保留的属性。