مقارنة
BED أم bigBed: تحرير النص والتوزيع المفهرس
BED نص مناطق، وbigBed بيانات BED ثنائية مفهرسة.
أي تنسيق يجب أن تختار؟
اختر BED لمدخل تحليل قابل للتحرير وbigBed لتوزيع مناطق من مسارات كبيرة.
مناسب لـ BED
تبادل المناطق المستهدفة أو مسارات العرض
- تداخل المناطق وتحديد مواضع الاستخراج
مناسب لـ bigBed
نشر مسارات تعليقات جينومية كبيرة
- قراءة المناطق المطلوبة في المتصفح
المعلومات الأساسية
| البند | BED | bigBed |
|---|---|---|
| الامتداد | .bed | .bb, .bigBed |
| نوع MIME | ||
| الاستخدامات الشائعة | تبادل المناطق المستهدفة أو مسارات العرض | نشر مسارات تعليقات جينومية كبيرة |
| طريقة الفتح | تحقق بأداة متوافقة من التجميع والأسماء وعدد الحقول. يمثل chr1 0 100 أول 100 قاعدة. بدايات الكتل نسبية إلى chromStart. | تحقق بقارئ bigBed أو متصفح متوافق من المرجع وأسماء الكروموسومات وتعريف الحقول. اختبر الوصول البعيد والقراءة الجزئية في البيئة الفعلية. |
| التصدير أو التحويل | للمناطق العادية غير الفارغة، أضف 1 إلى البداية عند التحويل إلى GFF3 وأبقِ النهاية. تحقق من قواعد المناطق ذات الطول صفر بصورة منفصلة. لا تعيد الإحداثيات وحدها السمات أو العلاقات الهرمية. | جهّز مساراً واحداً وchrom.sizes مطابقاً لـbedToBigBed. اجمع الصفوف حسب الكروموسوم ورتبها حسب البداية، واحذف track/browser وحدد الحقول الإضافية عبر -type/-as. |
الاختيار حسب الاستخدام
تداخل المناطق وتحديد مواضع الاستخراج
تبادل المناطق المستهدفة أو مسارات العرض
BEDقراءة المناطق المطلوبة في المتصفح
نشر مسارات تعليقات جينومية كبيرة
bigBedنقطة أساسية 1
تُفحص صفوف BED وأعمدته كنص.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتنقطة أساسية 2
تتيح فهارس bigBed الوصول إلى مناطق محددة.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتمزيد من التفاصيل حول الاختلافات
تحقق من القراءة الكاملة أو الجزئية والحقول الإضافية والاستضافة. لا تفترض حجماً أصغر أو سرعة أعلى دائماً؛ اختبر بيانات فعلية.
- تستخدم المناطق العادية في كليهما إحداثيات BED الصفرية ذات النهاية المستبعدة. لا يربط إنشاء bigBed التجميعات؛ طابق مرجع المدخل وchrom.sizes.
- جهّز مساراً مرتباً واحداً واحذف رؤوس العرض وعرّف الحقول الإضافية. أعد الإنشاء بعد التعديل وتحقق من الأعداد والإحداثيات والحقول عند التصدير.
الأسئلة الشائعة
هل BED المضغوط بـgzip يعادل bigBed؟
لا. لا ينشئ gzip وحده فهارس bigBed. احفظ BED الأصلي وتعريفات الحقول ومعلومات المرجع.