مقارنة
BED أم GFF3: استخراج المناطق وبنية التعليقات
يناسب BED تحديد المناطق، ويحمل GFF3 الأنواع والخصائص وعلاقات التعليقات.
أي تنسيق يجب أن تختار؟
فكّر في BED للتداخل والاستخراج وGFF3 لتبادل بنية التعليقات.
مناسب لـ BED
تبادل المناطق المستهدفة أو مسارات العرض
- تداخل المناطق وتحديد مواضع الاستخراج
مناسب لـ GFF3
وصف الجينات والنسخ والإكسونات
- تبادل الأنواع والخصائص والعلاقات
المعلومات الأساسية
| البند | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| الامتداد | .bed | .gff3, .gff |
| نوع MIME | ||
| الاستخدامات الشائعة | تبادل المناطق المستهدفة أو مسارات العرض | وصف الجينات والنسخ والإكسونات |
| طريقة الفتح | تحقق بأداة متوافقة من التجميع والأسماء وعدد الحقول. يمثل chr1 0 100 أول 100 قاعدة. بدايات الكتل نسبية إلى chromStart. | تحقق بقارئ GFF3 من إعلان الإصدار وأسماء المرجع والأعمدة التسعة وترميز الخصائص. تحقق من مراجع ID/Parent؛ قد يصف تكرار ID سمة متقطعة وليس تكراراً خاطئاً. |
| التصدير أو التحويل | للمناطق العادية غير الفارغة، أضف 1 إلى البداية عند التحويل إلى GFF3 وأبقِ النهاية. تحقق من قواعد المناطق ذات الطول صفر بصورة منفصلة. لا تعيد الإحداثيات وحدها السمات أو العلاقات الهرمية. | عند استخراج منطقة عادية إلى BED اطرح 1 من البداية وأبقِ النهاية. حدد اختيار السمات ودمجها، واحفظ الأصل إذا فُقدت الخصائص أو العلاقات أو phase الخاص بـCDS. |
الاختيار حسب الاستخدام
تداخل المناطق وتحديد مواضع الاستخراج
تبادل المناطق المستهدفة أو مسارات العرض
BEDتبادل الأنواع والخصائص والعلاقات
وصف الجينات والنسخ والإكسونات
GFF3نقطة أساسية 1
حقول BED الأساسية هي الكروموسوم والبداية والنهاية.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتنقطة أساسية 2
يستخدم GFF3 تسعة أعمدة مفصولة بتبويب وخصائص.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتمزيد من التفاصيل حول الاختلافات
حدد هل تكفي المناطق أم تحتاج علاقات النسخ والإكسونات وphase الخاص بـCDS. اتفق على التجميع المرجعي واختيار السمات.
- للمناطق العادية غير الفارغة، يضيف التحويل من BED الصفري ذي النهاية المستبعدة إلى GFF3 الذي يبدأ من واحد ويشمل الطرفين 1 إلى البداية. تحقق منفصلاً من الطول صفر والحالات الدائرية.
- قد يفقد الاستخراج إلى BED الخصائص وعلاقات Parent وphase. لا تعيد الكتل بالضرورة كل تعليقات GFF3؛ تحقق من الأعداد والتطابق.
الأسئلة الشائعة
هل تكفي إزاحة موضع واحد لتجميع آخر؟
لا. تغيير طريقة العد ليس ربطاً بين التجميعات. استخدم تحويلاً مناسباً وسجّل المناطق التي تعذر ربطها.