مقارنة
GTF أم GFF3: صياغة الخصائص وربط النسخ
كلاهما ذو تسعة أعمدة لكن صياغة الخصائص ونموذج العلاقات مختلفان.
أي تنسيق يجب أن تختار؟
استخدم GTF متوافقاً عند طلبه، وGFF3 مدعوماً لتبادل التعليقات الهرمية.
مناسب لـ GTF
تبادل مواضع الجينات والنسخ والإكسونات
- مدخل لأدوات التعبير التي تتطلب GTF
مناسب لـ GFF3
وصف الجينات والنسخ والإكسونات
- تبادل الأنواع والخصائص والعلاقات
المعلومات الأساسية
| البند | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| الامتداد | .gtf | .gff3, .gff |
| نوع MIME | ||
| الاستخدامات الشائعة | تبادل مواضع الجينات والنسخ والإكسونات | وصف الجينات والنسخ والإكسونات |
| طريقة الفتح | تحقق بقارئ GTF من المرجع والأسماء والفواصل والخصائص. طابق الإكسونات وCDS عبر معرّف النسخة؛ راجع الأنواع والعمود الثامن وفق قواعد القارئ. | تحقق بقارئ GFF3 من إعلان الإصدار وأسماء المرجع والأعمدة التسعة وترميز الخصائص. تحقق من مراجع ID/Parent؛ قد يصف تكرار ID سمة متقطعة وليس تكراراً خاطئاً. |
| التصدير أو التحويل | اربط gene_id/transcript_id بعلاقات ID/Parent المناسبة في GFF3. تغيير الأسماء وحده لا يكفي. تحقق من الصفوف والإحداثيات والشريط وCDS والخصائص واحفظ الأصل. | عند استخراج منطقة عادية إلى BED اطرح 1 من البداية وأبقِ النهاية. حدد اختيار السمات ودمجها، واحفظ الأصل إذا فُقدت الخصائص أو العلاقات أو phase الخاص بـCDS. |
الاختيار حسب الاستخدام
مدخل لأدوات التعبير التي تتطلب GTF
تبادل مواضع الجينات والنسخ والإكسونات
GTFتبادل الأنواع والخصائص والعلاقات
وصف الجينات والنسخ والإكسونات
GFF3نقطة أساسية 1
يستخدم GTF خصائص مثل gene_id "قيمة";.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتنقطة أساسية 2
يستخدم GFF3 خصائص مثل ID=قيمة;Parent=قيمة.
مزيد من التفاصيل حول الاختلافاتمزيد من التفاصيل حول الاختلافات
اتفق على الأنواع ومعرّفات النسخ والخصائص وتفسير القارئ، لا الامتداد أو عدد الأعمدة فقط.
- تبدأ الإحداثيات العادية من واحد وتشمل الطرفين في كليهما؛ لا يلزم تعديل البداية كما في BED. تحقق من المرجع والشريط وعمود CDS الثامن ومعالجة كودون التوقف وفق المنتج.
- اربط معرّفات GTF بعلاقات GFF3 الهرمية وتعدد الآباء والسمات المتقطعة بوضوح. سجّل ما لا تدعمه الأداة وتحقق من الأعداد واحفظ الأصل.
الأسئلة الشائعة
هل يكفي تغيير أسماء الخصائص للتحويل؟
لا. تختلف الصياغة والعلاقات وقواعد المنتج. قارن السمات لكل نسخة والخصائص المحفوظة بعد التحويل.