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BED oder bigBed: Textbearbeitung und indexierte Bereitstellung
BED ist Intervalltext; bigBed enthält indexierte binäre BED-Daten.
Welches Format sollten Sie wählen?
BED für bearbeitbare Analyseeingaben, bigBed für regionale Bereitstellung großer Tracks erwägen.
Geeignet für BED
Zielregionen oder Browser-Tracks weitergeben
- Intervallüberlappung und Extraktionspositionen
Geeignet für bigBed
Große Annotations-Tracks bereitstellen
- Ausgewählte Regionen im Browser lesen
Grundlegende Informationen
| Merkmal | BED | bigBed |
|---|---|---|
| Dateiendung | .bed | .bb, .bigBed |
| MIME-Typ | ||
| Häufige Verwendung | Zielregionen oder Browser-Tracks weitergeben | Große Annotations-Tracks bereitstellen |
| Öffnen | Prüfen Sie Assemblierung, Namen und Feldzahl mit einem geeigneten Leser. chr1 0 100 bezeichnet die ersten 100 Basen. Blockstarts sind relativ zu chromStart. | Prüfen Sie Assemblierung, Namen und Felder mit einem geeigneten Browser oder bigBed-Werkzeug. Fernzugriff und partielles Lesen in der Zielumgebung testen. |
| Exportieren oder konvertieren | Bei gewöhnlichen nichtleeren Intervallen wird für GFF3 der Start um 1 erhöht; das Ende bleibt gleich. Prüfen Sie Sonderregeln für Länge null. Koordinaten allein rekonstruieren keine Attribute oder Hierarchie. | Für bedToBigBed einen Track und passende chrom.sizes vorbereiten. Nach Chromosom gruppieren und Start sortieren, track/browser-Zeilen entfernen und Zusatzfelder mit -type/-as angeben. |
Nach Einsatzzweck wählen
Intervallüberlappung und Extraktionspositionen
Zielregionen oder Browser-Tracks weitergeben
BEDAusgewählte Regionen im Browser lesen
Große Annotations-Tracks bereitstellen
bigBedWichtiger Punkt 1
BED-Zeilen und -Spalten lassen sich als Text prüfen.
Unterschiede im DetailWichtiger Punkt 2
bigBed-Indizes erschließen ausgewählte Regionen.
Unterschiede im DetailUnterschiede im Detail
Vollständiges oder partielles Lesen, Zusatzfelder und Hosting prüfen. Nicht immer kleiner oder schneller annehmen, sondern reale Daten testen.
- Gewöhnliche Intervalle nutzen in beiden die nullbasierten, endexklusiven BED-Koordinaten. bigBed-Erzeugung bildet keine Assemblierungen ab; Eingabe und chrom.sizes abstimmen.
- Einen geordneten Track vorbereiten, Anzeigeheader entfernen und Zusatzfelder definieren. Nach Änderungen neu erzeugen und beim Export Anzahl, Koordinaten und Felder prüfen.
Häufige Fragen
Ist gzip-komprimiertes BED dasselbe wie bigBed?
Nein. gzip allein erzeugt keine bigBed-Indizes. Quell-BED, Felddefinitionen und Referenzinformationen behalten.