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BED oder GFF3: Intervallextraktion und Annotationsstruktur
BED dient der Intervallauswahl; GFF3 trägt Typen, Attribute und Annotationsbeziehungen.
Welches Format sollten Sie wählen?
BED für Überlappung oder Extraktion, GFF3 für den Austausch der Annotationsstruktur erwägen.
Geeignet für BED
Zielregionen oder Browser-Tracks weitergeben
- Intervallüberlappung und Extraktionspositionen
Geeignet für GFF3
Gene, Transkripte und Exons annotieren
- Merkmaltypen, Attribute und Beziehungen austauschen
Grundlegende Informationen
| Merkmal | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| Dateiendung | .bed | .gff3, .gff |
| MIME-Typ | ||
| Häufige Verwendung | Zielregionen oder Browser-Tracks weitergeben | Gene, Transkripte und Exons annotieren |
| Öffnen | Prüfen Sie Assemblierung, Namen und Feldzahl mit einem geeigneten Leser. chr1 0 100 bezeichnet die ersten 100 Basen. Blockstarts sind relativ zu chromStart. | Prüfen Sie Versionsdirektive, Referenznamen, neun Spalten und Attribut-Escaping mit einem GFF3-Leser. ID/Parent prüfen; wiederholte IDs können ein diskontinuierliches Merkmal darstellen. |
| Exportieren oder konvertieren | Bei gewöhnlichen nichtleeren Intervallen wird für GFF3 der Start um 1 erhöht; das Ende bleibt gleich. Prüfen Sie Sonderregeln für Länge null. Koordinaten allein rekonstruieren keine Attribute oder Hierarchie. | Bei gewöhnlicher Intervallextraktion nach BED wird vom Start 1 abgezogen; das Ende bleibt gleich. Auswahl und Zusammenführung festlegen und Originale bei Verlust von Attributen, Hierarchie oder CDS-phase behalten. |
Nach Einsatzzweck wählen
Intervallüberlappung und Extraktionspositionen
Zielregionen oder Browser-Tracks weitergeben
BEDMerkmaltypen, Attribute und Beziehungen austauschen
Gene, Transkripte und Exons annotieren
GFF3Wichtiger Punkt 1
BED-Grundfelder sind Chromosom, Start und Ende.
Unterschiede im DetailWichtiger Punkt 2
GFF3 verwendet neun tabgetrennte Spalten und Attribute.
Unterschiede im DetailUnterschiede im Detail
Klären Sie, ob Intervalle genügen oder Transkript-/Exonbeziehungen und CDS-phase nötig sind. Referenzassemblierung und Merkmalauswahl vereinbaren.
- Bei gewöhnlichen nichtleeren Intervallen wird beim Wechsel von nullbasiertem, endexklusivem BED zu einsbasiertem, inklusivem GFF3 der Start um 1 erhöht. Länge null und zirkuläre Fälle gesondert prüfen.
- BED-Extraktion kann Attribute, Parent-Beziehungen und phase verlieren. Blöcke rekonstruieren nicht unbedingt jede GFF3-Annotation; Anzahl und Zuordnung prüfen.
Häufige Fragen
Ermöglicht Verschieben um eine Position eine andere Assemblierung?
Nein. Konventionswechsel ist keine Abbildung zwischen Assemblierungen. Passende Abbildung verwenden und nicht zuordenbare Regionen dokumentieren.